| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,370,325 | C→T | intergenic (+210745/+50612) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,370,325 | 0 | C | T | 98.9% | 238.2 / ‑6.5 | 88 | intergenic (+210745/+50612) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (51/36); minor base G (1/0); total (52/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTGTTCATTGCTGTAACCGGAATAAATCAGCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATCATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGATTAAATCCTTTTGCGCTAAATGTTTTTCGTTCTGCAGGAAATACCAACGGTTACGCAATATCAAGGCACGGTTTAAATCGCTGGTGAGATGATATTCTTCCGCCGTGGCGATGAGTTTATCCAGAATCTGTTTGGCTTCTTCAAACTGCCCCACCAACATTTGCGCACGCACGATATTGCGC > 1/1370078‑1370571 | tttGTTCATTGCTGTACCCGGAATAAATCAGCCCCGGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCattatc < 1:527747/251‑1 (MQ=255) tttCATTGCTGTAACCGGAATAAATCAGCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTcc < 1:435655/250‑1 (MQ=255) gCTGTAACCGGAATAAATCAGCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCaa > 1:710445/1‑251 (MQ=255) cTGTACCCGAAATAAATCACCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCaa < 1:484136/250‑1 (MQ=255) tGTAACCGGAATAAATCAGCCCCAGTCCCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATc < 1:566399/251‑1 (MQ=255) cccGGAATAAATCAGCCCCAGTCCCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACaa < 1:588513/250‑1 (MQ=255) gAATAAATCAGCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAgg > 1:174584/1‑250 (MQ=255) aTCAGCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCtgat > 1:252043/1‑251 (MQ=255) tCAGCCCCAGTGCCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCtgatg < 1:545260/251‑1 (MQ=255) aGCCCCAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGaa > 1:570804/1‑251 (MQ=255) ccccAGTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAAt > 1:766765/1‑251 (MQ=255) gtcccTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGt < 1:33082/247‑1 (MQ=255) gTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGtt > 1:746909/1‑251 (MQ=255) gTACCTGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGtt > 1:56200/1‑251 (MQ=255) tGCCACTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTcc > 1:772574/1‑213 (MQ=255) cTCCCGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCa > 1:615150/1‑251 (MQ=255) cccGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTcc > 1:465843/1‑206 (MQ=255) cGTTGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGtt < 1:656441/237‑1 (MQ=255) ttGCGTGAGCGGGCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAaacgc < 1:658825/250‑1 (MQ=255) ggCTGATTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGAtt > 1:809180/1‑251 (MQ=255) aTTTTGAGCAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGATTAAAt > 1:573392/1‑250 (MQ=255) cAACTCGGGCACTTGCGGATTGGCAAGCAGCTTGGCGACGAACTGTTCATCGAAATGAGCGAATTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGATTAAAttataacc < 1:124301/249‑8 (MQ=255) 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aTTTATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGATTAAATCCTTTTGCGCTAAATGTTTTTCGTTCTGCAGGAAATACCAACGGTTACGCAATATCAAGGCACGGTTTaaa > 1:691728/1‑251 (MQ=255) tttATGACGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGATTAAATCCTTTTGCGCTAAATGTTTTTCGTTCTGCAGGAAATACCAACGGTTACGCAATATCAAGGCACGGTTTAAAt < 1:376203/251‑1 (MQ=255) cGGTAATATTGATTAATGTTTCGCAAAATAAATTGCGCTTTATGCAAAGCAAGTTCGTCCAATACGTTTAATTGCAGCAAATGGCGAATTTGTTGCGCCATTATCTCCCCTTCAATCACAAAGGCGCTGATGAAATTGGTTTGACGCGCCAAACGCAACGCCTCGATTAAATCCTTTTGCGCTAAATGTTTTTCGTTCTGCAGGAAATAcc > 1:764843/1‑211 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |