| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,347,892 | G→A | intergenic (+188312/+73045) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,347,892 | 0 | G | A | 97.2% | 88.6 / ‑5.9 | 36 | intergenic (+188312/+73045) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (17/18); total (17/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTACGCACTATATCAAATTCAATTTCTACATCAAAATAAAATAAACCATTTTGGTATATCATCATATAGTTAGATAACTCATTATCATATTATCTTCAACAGTTAATATTTTGCAAAATCGGCTTAAGTAAATAAACCAACCTTGCGTAGAATAACTTTTTAGTCACATTGTTCATAAATACGCTGTTTTAATAAATGCTCCTCTAGCTATCACAATTTATCAAATTTTGATAAGCGATCTGTTTACAGATCTCTGTATTGTAGTTTTACTTACTTACCAGTGCACTTGTGCCGATAACCTTAAAATCATTTTTGACAGTAATTGTACATATGGTTATAGTGCCTTGAAAACCATCCAAAGAAATCGAACTATTTGATAGTTATAAGGATTTAAACTGCTTAGCCAGTTGGCTATTATTTAGCGGTCAGCAAGTCG > 1/1347694‑1348130 | tCTACGCACTATATCAAATTCAATTTCTACATCAAAATAAAATAAACCATTTTGGTATATCATCATATAGTTAGATAACTCATTATCATATTATCTTCAACAGTTAATATTTTGCAAAATCGGCTTAAGTAAATAAACCAACCTTACGTAGAATAACTTTTTAGTCACATTGTTCATAAATACGCTGTTTTAATAAATACTCCTCTAGCTATCACAATTTATCAAATTTTGATAAGCGATCTGTTTACAGa < 1:595933/251‑1 (MQ=255) aCGCACTATATCAAATTCAATTTCTACATCAAAATAAAATAAACCATTTTGGTATATCATCATATAGTTAGATAACTCATTATCATATTATCTTCAACAGTTAATATTTTGCAAAATCGGCTTAAGTAAATAAACCAACCTTACGTAGAATAACTTTTTAGTCACATTGTTCATAAATACGCTGTTTTAATAAATACTCCTCTAGCTATCACAATTTATCAAATTTTGATAAGCGATCTGTTTACAGAt > 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TCTACGCACTATATCAAATTCAATTTCTACATCAAAATAAAATAAACCATTTTGGTATATCATCATATAGTTAGATAACTCATTATCATATTATCTTCAACAGTTAATATTTTGCAAAATCGGCTTAAGTAAATAAACCAACCTTGCGTAGAATAACTTTTTAGTCACATTGTTCATAAATACGCTGTTTTAATAAATGCTCCTCTAGCTATCACAATTTATCAAATTTTGATAAGCGATCTGTTTACAGATCTCTGTATTGTAGTTTTACTTACTTACCAGTGCACTTGTGCCGATAACCTTAAAATCATTTTTGACAGTAATTGTACATATGGTTATAGTGCCTTGAAAACCATCCAAAGAAATCGAACTATTTGATAGTTATAAGGATTTAAACTGCTTAGCCAGTTGGCTATTATTTAGCGGTCAGCAAGTCG > 1/1347694‑1348130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |