| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 293,248 | T→C | intergenic (‑25888/+51357) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 293,248 | 0 | T | C | 100.0% | 233.2 / NA | 84 | intergenic (‑25888/+51357) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (36/48); total (36/48) | |||||||||||
TCGCCAGAGTTAGCGACAAAAATTCATACGATTTCAGGGGGTAATTTAGGGAATGTACATCGTTTATTAACCGCGTGCGCCATTGAAGCGATTACAACAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGTTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCTTATTAAAGGTCAAGCGA > 1/293019‑293492 | aaaatgctctaatctacaatcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTgccgc > 1:417583‑M2/99‑250 (MQ=255) ctctaatctacaatcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAt < 1:399383‑M2/159‑1 (MQ=255) ctctaatctacaatcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAt < 1:23627‑M2/159‑1 (MQ=255) tctaatctacaatcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAtt < 1:652063‑M2/160‑1 (MQ=255) aatctacaatcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAt > 1:254352‑M2/89‑247 (MQ=255) aatctacaatcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATtgtg > 1:494114‑M2/89‑251 (MQ=255) tcgccagagttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGc < 1:380631‑M2/172‑1 (MQ=255) ttagcgacaaaaattcatacgatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtacgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACAt < 1:250189‑M2/181‑1 (MQ=255) gatttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTAc < 1:599331‑M2/179‑1 (MQ=255) atttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAt > 1:68134‑M2/50‑208 (MQ=255) atttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGc < 1:341739‑M2/172‑1 (MQ=255) atttcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATa > 1:366088‑M2/50‑251 (MQ=255) tcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATCAGt < 1:267585‑M2/205‑1 (MQ=255) tcagggggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGt < 1:73096‑M2/205‑1 (MQ=255) gggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAt < 1:700745‑M2/159‑1 (MQ=255) gggtaatttagggaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTAt < 1:697901‑M2/195‑1 (MQ=255) gaatgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGatata < 1:611268‑M2/221‑1 (MQ=255) atgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGat > 1:9578‑M2/28‑245 (MQ=255) tgtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGAt < 1:341208‑M2/225‑1 (MQ=255) gtacatcgtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTAc > 1:275427‑M2/26‑192 (MQ=255) gtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTAc > 1:228946‑M2/19‑185 (MQ=255) gtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGAc < 1:339304‑M2/211‑1 (MQ=255) gtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGatata > 1:697876‑M2/19‑239 (MQ=255) gtttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTtagatag > 1:629132‑M2/19‑251 (MQ=255) tttattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTtagataga > 1:646505‑M2/18‑251 (MQ=255) tattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGAt < 1:857901‑M2/159‑1 (MQ=255) tattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTg > 1:26933‑M2/16‑202 (MQ=255) tattaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGa > 1:510887‑M2/16‑239 (MQ=255) attaaccgcgtgcgAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTATGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAggg < 1:444956‑M2/237‑1 (MQ=255) gAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCa > 1:174822/1‑250 (MQ=255) aaTTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTa < 1:72406/251‑1 (MQ=255) aCATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACag > 1:191534/1‑153 (MQ=255) cATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAg > 1:534033/1‑251 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTAc > 1:882857/1‑146 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTgg < 1:246444/186‑1 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATg < 1:395594/202‑1 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTtagat < 1:221205/210‑1 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAAc > 1:640360/1‑223 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAg > 1:422054/1‑247 (MQ=255) aGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGatat > 1:50083/1‑251 (MQ=255) gATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGAt > 1:204914/1‑179 (MQ=255) atatTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTa > 1:565024/1‑251 (MQ=255) atatTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTa > 1:508514/1‑251 (MQ=255) ttatCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAggg < 1:857754/251‑1 (MQ=255) atCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCg < 1:39529/251‑1 (MQ=255) gCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTtagat > 1:168737/1‑198 (MQ=255) gCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTAt > 1:406148/1‑250 (MQ=255) cATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATc < 1:772198/250‑1 (MQ=255) tAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTgg > 1:816379/1‑171 (MQ=255) tAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTtagat > 1:53919/1‑195 (MQ=255) tAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCg > 1:422518/1‑243 (MQ=255) aTTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATg < 1:781280/185‑1 (MQ=255) aTTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGc > 1:848514/1‑218 (MQ=255) aTTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAggg > 1:106534/1‑239 (MQ=255) aTTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTa > 1:490475/1‑251 (MQ=255) cATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATc < 1:202992/251‑1 (MQ=255) ggTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACAttt < 1:59361/138‑1 (MQ=255) ggTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGa < 1:547024/179‑1 (MQ=255) caacGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACt < 1:53761/251‑1 (MQ=255) aacGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACtt < 1:561567/251‑1 (MQ=255) acGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACt < 1:172745/157‑1 (MQ=255) acGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGata < 1:485720/164‑1 (MQ=255) acGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATg < 1:864382/168‑1 (MQ=255) tATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTc < 1:167495/251‑1 (MQ=255) tATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTc < 1:686532/251‑1 (MQ=255) tATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTc < 1:893862/251‑1 (MQ=255) aTCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTtagat < 1:409992/145‑1 (MQ=255) aTCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTg < 1:231133/247‑1 (MQ=255) aTCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGAc < 1:37871/251‑1 (MQ=255) gAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACtt < 1:413994/205‑1 (MQ=255) gAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGaa > 1:187303/1‑251 (MQ=255) ccGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCa > 1:543946/1‑250 (MQ=255) gCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGAc < 1:828840/230‑1 (MQ=255) aCCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTGTCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCttatt > 1:449529/1‑251 (MQ=255) aCCTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCttatt > 1:764550/1‑251 (MQ=255) ccTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCttatta < 1:314749/251‑1 (MQ=255) ccTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCttatta < 1:822142/251‑1 (MQ=255) ccTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTAGTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCttatta < 1:446734/251‑1 (MQ=255) cTCAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCTTATTaa < 1:319279/251‑1 (MQ=255) cAATGAAAGCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTAt < 1:461631/167‑1 (MQ=255) gCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTc < 1:286413/202‑1 (MQ=255) gCATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCt < 1:514702/235‑1 (MQ=255) cATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCTTATTAAAGGTCAAGCGa > 1:860435/1‑251 (MQ=255) cATCAGCTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCAACCTTATTAAAGGTCAAGCGa < 1:11421/251‑1 (MQ=255) | TCGCCAGAGTTAGCGACAAAAATTCATACGATTTCAGGGGGTAATTTAGGGAATGTACATCGTTTATTAACCGCGTGCGCCATTGAAGCGATTACAACAGGAACAGAGCAAATTACATTAGATATTATCGAGCATAATTCATGGGTACAACCAACGCAGGGCTTACGAAAAATTATCGGATAAAATCAAGGATTATTCGAACACCGCTTTACCTCAATGAAAGCATCAGTTCGTGGCTCATTCGTGCCGCCTTAGATTGTGGTACAGAGCCGATTACATTTACTGGATTTTATTGGGATAAGTGGCGACTATGGATATATGATTTAGATAGAGGGTTTGAACCGATTGCACCGCAGATTTATGAAGATATTAGGGCGTTATCGTTTAATCAACAGGTAAACTTAGTCAACCATTCGCTTTATTCCGTATTGAGACCGATTAATGGCGAAAGCACCCTTATTAAAGGTCAAGCGA > 1/293019‑293492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |