| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,333,680 | G→T | intergenic (+174100/+87257) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,333,680 | 0 | G | T | 98.2% | 146.6 / NA | 56 | intergenic (+174100/+87257) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (28/27); minor base C (1/0); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGTGTATCAGCTTTATCATTTGCTTAACTTCAGCAGCCGCTTCCACGGCAATTATGTGGCACTTGCCAATAAATGGGTGCATGATGTGTTGCAACGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGGAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACGGTTTTTAACACGATCTGCACGACGCTGGGAAAGATCCATGTTATACACTTTGGAACCTAAACGGTCGGTATAACCGGCAACTTTCACTTCCTGCGCTTTGGAT > 1/1333435‑1333925 | aTCGTGTATCAGCTTTATCATTTGCTTAACTTCAGCAGCCGCTTCCACGGCAATTATGTGGCACTTGCCAATAAATGGGTGCATGATGTGTTGCAACGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAagag > 1:738998/1‑251 (MQ=255) gCTTTATCATTTGCTTAACTTCAGCAGCCGCTTCCACGGCAATTATGTGGCACTTGCCAATAAATGGGTGCATGATGTGTTGCAACGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCaa > 1:731962/1‑250 (MQ=255) tttATCATTTGCTTAACTTCAGCAGCCGCTTCCACGGCAATTATGTGGCACTTGCCAATAAATGGGTGCATGATGTGTTGCAACGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAacac < 1:732450/251‑1 (MQ=255) gCTTAACTTCAGCAGCCGCTTCCACGGCAATTATGTGGCACTTGCCAATAAATGGGTGCATGATGTGTTGCAACGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTgg > 1:771886/1‑251 (MQ=255) 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1:858894/251‑1 (MQ=255) ttGCAACGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCg < 1:815844/251‑1 (MQ=255) aaCGCTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAAc < 1:776432/251‑1 (MQ=255) cTATGAAAATCTATAAGCACAACACAAAAAAAGAAAGGGCATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCt > 1:582354/1‑237 (MQ=255) 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1:451315/251‑1 (MQ=255) cATTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAagag < 1:194701/114‑1 (MQ=255) aTTTAGCCCTTTC‑TTTATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAGCTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACgg < 1:769457/251‑1 (MQ=255) ttc‑tttATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCt > 1:92850/1‑226 (MQ=255) c‑tttATATCTCTGATTTAACCATTATTTTTGATATAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAAc > 1:738849/1‑157 (MQ=255) 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atatAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCg < 1:254771/160‑1 (MQ=255) atatAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACGGTTTTTAACACGATCTGCACGACGCTGGGAAAGATCCATGTtat > 1:23712/1‑251 (MQ=255) atatAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACGGTTTTTAACACGATCTGCACGACGCTGGGAAAGATCCATGTtat > 1:484139/1‑251 (MQ=255) atatAACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACGGTTTTTAACACGATCTGCACGACGCTGGGAAAGATCCATGTtat > 1:364953/1‑251 (MQ=255) ataACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACa > 1:632400/1‑125 (MQ=255) ataACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACGGTTTTTAACACGATCTGCACGACGCTGGGAAAGATCCATGTtata > 1:222965/1‑250 (MQ=255) taACGGAGTTGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGTTTGGACGCAAGCAGCTGATTAATTGGCTGGATTTAACATTGTTACAGGCTTGAACTTGGTGAGCTTCACCGTAACCAACTGCATTAATTTGAACATCAATACCTTGTTCAATTAAACGGTTTTTAACACGATCTGCACGACGCTGGGAAAGATCCATGTTATac > 1:81073/1‑250 (MQ=255) gAGTCGGTCCTATTTCGCCGCCAACTTGTTTACTTTCATCTTTTGGTGTGATACCGTAAGAGGAAATTTCAACACGACGGttt < 1:735161/83‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |