| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,312,407 | A→G | intergenic (+152827/+108530) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,312,407 | 0 | A | G | 98.8% | 223.8 / ‑3.3 | 80 | intergenic (+152827/+108530) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (40/39); minor base . (1/0); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
ACAATTTGAAACGTCATGGAGAAAATCAATAAGAAAAAACGGGTGGCATTATAACATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGAGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCACCCGCAACCCCTAAAACACAATGCGGAAAAAATGCCTTCCCGCTGGCATATTTTGCCGGATTCCTTGAAATTA > 1/1312173‑1312652 | aCAATTTGAAACGTCATGGAGAAAATCAATAAGAAAAAACGGGTGGCATTATAACATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGt < 1:334250/251‑1 (MQ=255)aCAATTTGAAACGTCATGGAGAAAATCAATAAGAAAAAACGGGTGGCATTATAACATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATGTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGt < 1:795465/251‑1 (MQ=255) aaaTCAATAAGAAAAAACGGGTGGCATTATAACATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTtc < 1:453031/251‑1 (MQ=255) aaTAAGAAAAAACGGGTGGCATTATAACATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCAt < 1:143995/251‑1 (MQ=255) 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1:171407/188‑1 (MQ=255) aCATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGc < 1:866747/203‑1 (MQ=255) aCATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATg > 1:640054/1‑251 (MQ=255) aCATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACAATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTtc > 1:383497/1‑220 (MQ=255) 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gggTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATg > 1:682452/1‑250 (MQ=255) gggTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATg < 1:84103/250‑1 (MQ=255) aCAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTACTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTaa > 1:75977/1‑251 (MQ=255) gTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCtt > 1:141408/1‑155 (MQ=255) gTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCtttatt > 1:617342/1‑251 (MQ=255) gTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCtttatt > 1:564132/1‑251 (MQ=255) gTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCACAAATCGGCGTTTATGCCCTAAcc > 1:76527/1‑245 (MQ=255) 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cTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAggg < 1:23028/251‑1 (MQ=255) cTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTGTATTGACGCAAggg < 1:567972/251‑1 (MQ=255) aaCAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGttt > 1:297266/1‑251 (MQ=255) cAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCt > 1:864726/1‑145 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ggTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGAt < 1:506068/110‑1 (MQ=255) tttGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCAcc < 1:626300/251‑1 (MQ=255) ttGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCAccc < 1:28617/251‑1 (MQ=255) cTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTTGTTTTCGACAAACTTCACCCGCa > 1:281519/1‑251 (MQ=255) cATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGAttt < 1:36502/144‑1 (MQ=255) ttattTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCTTAACCTTTATTTTATTGATGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGGTGGTTTACGACAAACTTTACCCGctaac > 1:347199/1‑246 (MQ=255) ttattTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCtttattt > 1:636267/1‑189 (MQ=255) ttattTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACt < 1:143218/238‑1 (MQ=255) ttattTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTAAGACAAACTTCaacctgttt > 1:420094/1‑241 (MQ=255) ttttAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAggg < 1:245940/200‑1 (MQ=255) tGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCACCCGCAACCCCTAAAacac < 1:358526/251‑1 (MQ=255) 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ttGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAggg > 1:520663/1‑185 (MQ=255) gCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACg > 1:510851/1‑173 (MQ=255) gCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAAtt < 1:754783/186‑1 (MQ=255) gCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCACCCGCAACCCCTAAAACACAATGCGGGAAAAATg > 1:133452/1‑251 (MQ=255) cTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCACCCGCAACCCCTAAAACACAATGCGGAAAAAATg < 1:179160/250‑1 (MQ=255) ggTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCt > 1:830273/1‑71 (MQ=255) gTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACt > 1:402978/1‑206 (MQ=255) cGCATTGGGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCACCCGCAACCCCTAAAACACAATGCGGAAAAAATGCCTTCCCGCTGGCATATTTTGCCGGATTCCTTGAAAt < 1:466370/251‑1 (MQ=255) 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ACAATTTGAAACGTCATGGAGAAAATCAATAAGAAAAAACGGGTGGCATTATAACATACAACAATCGCTTTATCGGCGCGCGATTAGGCGGGGTGACAGAAAAGTGCTATACTTCGCGCTTAACAATAACTCTAAGGTATTTTCACGGTGTACGAAGGTTTGCTCATTATTTTAGTGCCGATGTTTGTCGGCTACATGGTTAAAACGAAAAATCAGACGATTTTGCACGCATTGAGGCGATTAACCATGGTTCTGCTTTACATGATCTTGTTCTCCATGGGCTTTTCTCTCGGTCAACTGAATGATTTGGCACAACAATTACCGCAAATCGGCGTTTATGCCCTAACCTTTATTTTATTGACGCAAGGGTTTAATTTTATCGGCTTGTTGGTTTACGACAAACTTCACCCGCAACCCCTAAAACACAATGCGGAAAAAATGCCTTCCCGCTGGCATATTTTGCCGGATTCCTTGAAATTA > 1/1312173‑1312652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |