| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,281,844 | T→C | intergenic (+122264/+139093) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,281,844 | 0 | T | C | 98.1% | 145.8 / ‑6.4 | 53 | intergenic (+122264/+139093) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (25/27); minor base A (1/0); total (26/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACTTAATTCGTAGCCACGTTGAAATTCGTTAATTTGTCCGTTATAGCTGATATGCCCTTCCGGGAAAAGCGCCACCACTTCGCCATTTTCCAAATATTGACGAATGGCTTCGATACTTTCTTTGCTGGAACCTACACCGATAGGAATTACCTTGAAGAATTTGAAAATCCAGGTGAGATACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGTACTAACCAGTCGATCCAGCTGATATGATTGCCTAATAACAATACACCGCCACGTTGCGGTAAATTTTTTAAGCCTTCCACATGGAAGCGGTAGCCGGTTTTTAGGAAAAGTAATAAAAATAAGCGGGTGAATAAATGCGGCAATTGCAAAATGGCATATAAGGAACCGACAAAACAGACCACAGAAACAAAAATAAATAAGCCTGTGGTGGAAATATCCGCGTAAACAAAGGCGATACTTAACA > 1/1281600‑1282088 | tACTTAATTCGTAGCCACGTTGAAATTCGTTAATTTGTCCGTTATAGCTGATATGCCCTTCCGGGAAAAGCGCCACCACTTCGCCATTTTCCAAATATTGACGAATGGCTTCGATACTTTCTTTGCTGGAACCTACACCGATAGGAATTACCTTGAAGAATTTGAAAATCCAGGTGAGATACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTaa > 1:266435/1‑250 (MQ=255) aCTTAATTCGTAGCCACGTTGAAATTCGTTAATTTGTCCGTTATAGCTGATATGCCCTTCCGGGAAAAGCGCCACCACTTCGCCATTTTCCAAATATTGACGAATGGCTTCGATACTTTCTTTGCTGGAACCTACACCGATAGGAATTACCTTGAAGAATTTGAAAATCCAGGTGAGATACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAAcc < 1:769063/251‑1 (MQ=255) aCTTAATTCGTAGCCACGTTGAAATTCGTTAATTTGTCCGTTATAGCTGATATGCCCTTCCGGGAAAAGCGCCACCACTTCGCCATTTTCCAAATATTGACGAATGGCTTCGATACTTTCTTTGCTGGAACCTACACCGATAGGAATTACCTTGAAGAATTTGAAAATCCAGGTGAGATACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAAc > 1:334676/1‑250 (MQ=255) aCTTAATTCGTAGCCACGTTGAAATTCGTTAATTTGTCCGTTATAGCTGATATGCCCTTCCGGGAAAAGCGCCACCACTTCGCCATTTTCCAAATATTGACGAATGGCTTCGATACTTTCTTTGCTGGAACCTACACCGATAGGAATTACCTTGAAGAATTTGAAAATCCAGGTGAGATACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAAc > 1:514014/1‑250 (MQ=255) 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1:889085/1‑250 (MQ=255) ggTGAGATACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAACCAGTCGATCCAGCTGATATGATTGCCTAATAACAATACACCGCCACGTTGCGGTAAATTTTTTAAGCCTTCCACATGGAAGCGGTAGCCGGTTTTTAGGAAAAGTAATAAAAATAAGCGGGTGAATAAATGCGGCAATTGCAAAATGGCATATAAGGAACCGACAAAACAGa > 1:489035/1‑251 (MQ=255) agaTACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAACCAGTCGATCCAGCTGGTATGATTGCCTAATAACAATACACCGCCACGTTGCGGTAAATTTTTTAAGCCTTCCACATGGAAGCGGTAGCCGGTTTTTAGGAAAAGTAATAAAAATAAGCGGGTGAATaaa < 1:268973/204‑1 (MQ=255) agaTACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAACCAGTCGATCCAGCTGATATGATTGCCTAATAACAATACACCGCCACGTTGCGGTAAATTTTTTAAGCCTTCcac < 1:765210/149‑1 (MQ=255) agaTACCATTTGTTGTAAATACCGCGATACATCACGAATTTAATGGCGCGCGGGCTGGCGGCTTGTAGCACTAACCAGTCGATCCAGCTGATATGATTGCCTAATAACAATACACCGCCACGTTGCGGTAAATTTTTTAAGCCTTCCACATGGAAGCGGTAGCCGGTTTTTAGGAAAAGTAATAAAAATAAGCGGGTGAATAAATGCGGCAATTGCAAAATgg > 1:124860/1‑223 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |