| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,272,116 | T→G | intergenic (+112536/+148821) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,272,116 | 0 | T | G | 98.2% | 145.5 / ‑3.1 | 55 | intergenic (+112536/+148821) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (29/25); minor base . (0/1); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
TCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGTGCAGAGCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACGATAATGGAACAGCAATT > 1/1271889‑1272342 | tCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGattat > 1:235117/1‑251 (MQ=25) aTTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCg > 1:22249/1‑251 (MQ=255) ttAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTc < 1:843898/251‑1 (MQ=255) aGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATa < 1:200100/250‑1 (MQ=255) ggTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAAc > 1:728771/1‑223 (MQ=18) ggTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGa > 1:864185/1‑250 (MQ=255) ggTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGa > 1:503538/1‑250 (MQ=255) 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ccATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGAt > 1:122950/1‑248 (MQ=255) aTTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGAc > 1:150816/1‑226 (MQ=255) aCGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAatat < 1:302902/251‑1 (MQ=255) 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aCTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTc > 1:41881/1‑242 (MQ=255) aCTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGAc < 1:709458/250‑1 (MQ=255) aTTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCa > 1:511985/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATg < 1:765983/246‑1 (MQ=255) gACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGAc > 1:607703/1‑148 (MQ=255) gACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACg > 1:359111/1‑251 (MQ=255) aCATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACGa > 1:563593/1‑251 (MQ=255) tAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGaaa < 1:408206/236‑1 (MQ=255) aaTCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAatat > 1:51085/1‑121 (MQ=255) aaTCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACGATAAt > 1:420961/1‑251 (MQ=255) cAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCaa > 1:276561/1‑141 (MQ=255) cAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACGATAATGGAACAGCAAt > 1:8479/1‑251 (MQ=255) aaTTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGGGCAGATCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACGATAATGGAACAGCAAtt > 1:46209/1‑250 (MQ=255) | TCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAAGGCTTTTCCAATAAATGACTTGAGAACGAGAAATCTGATGAAATTTAGCCACCTCACGGATACCAAAATTCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTTAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTT‑‑GGGGTGCAGAGCACTTTTAACCGATTATTTTCGTTCCATATTCATAGACCTTTTGCAATAACATAAGATTTTCTTCATTGTTGGAATATTGTTCGGCTAATTCTTGAAGACGTTGTTCAAATTGCAAAGCCTCGGCATCTAATTTTTTACGGCAGTATTTTTGCCATTTAATTTGTTCCGCACGGTTCAATGTACGATAGAAATGTCTGGCACGATAATGGAACAGCAATT > 1/1271889‑1272342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |