| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,248,575 | G→A | intergenic (+88995/+172362) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,248,575 | 0 | G | A | 98.7% | 198.0 / NA | 77 | intergenic (+88995/+172362) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (43/33); total (44/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTATACACATCTTTATGCTTTATTTTATATAGCGAGTTTGGGGTAAGGCGGGCGCAGTGAAAAACATCGGGAAAACCACCGCACTTTTACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGGCGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGTATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGCAATTGGGTTTGGCGATTTAATGCGGCTTGTGCCTGATAGCTGTTATCTACATCGGCAAGGGCTTGCAGCAAGCCTTTGTCGTATTGAAGTAAGGCAGCTTTCAGGCGGGCGTCGGCGGCGTCAATGTTGGCTTGAATGCGTC > 1/1248325‑1248803 | aTTATACACATCTTTATGCTTTATTTTATATAGCGAGTTTGGGGTAAGGCGGGCGCAGTGAAAAACATCGGGAAAACCACCGCACTTTTACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAggg > 1:122422/1‑251 (MQ=255)aTTATACACATCTTTATGCTTTATTTTATATAGCGAGTTTGGGGTAAGGCGGGCGCAGTGAAAAACATCGGGAAAACCACCGCACTTTTACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAggg > 1:47253/1‑251 (MQ=255)aTTATACACATCTTTATGCTTTATTTTATATAGCGAGTTTGGGGTAAGGCGGGCGCAGTGAAAAACATCGGGAAAACCACCGCACTTTTACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAggg > 1:456424/1‑251 (MQ=255) ataCACATCTTTATGCTTTATTTTATATAGCGAGTTTGGGGTAAGGCGGGCGCAGTGAAAAACATCGGGAAAACCACCGCACTTTTACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGt > 1:853639/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) tttACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGc < 1:331955/251‑1 (MQ=255) tttACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGc < 1:180320/251‑1 (MQ=255) ttACAAAACGCAAAAGTGCGGTCGATTTCGCAAACGTTTTTTTCATCGCTCGGACCAACCGCCACCTAGTGCTTTATACAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGCa < 1:88080/251‑1 (MQ=255) 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> 1:272062/1‑251 (MQ=255) ataCAAACTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGCAATTGGGTTTGGCGATTTAATGCGGCTTGTGCCTGATAGCTGTTATCTACATCGGCAAGGACTTGCAGCAAGCCtt > 1:721070/1‑251 (MQ=255) aaCTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGCAATTGGGTTTGGCGATTTAATGCGGCTTGTGCCTGATAGCTGTTATCTTCATc > 1:458186/1‑223 (MQ=255) cTAATCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATTGCCTGCCTGCTTTTGCGCCTGTTGGCAGGCGGTTTGTAGCAATTGGGTTTGGCGATTTAATGCGGCTTGTGCCTGATAGCTGTTa < 1:355937/213‑1 (MQ=255) aaTCAAATTCTTCGCCCCCGCTAAACGGCTTTGGATGAGTTGGTTTTGGTAATCCAGTGCGGTGAGGCGGGCGGTGAGGACGTTGTCTAAGGTTTTTTCGCCGTAGTTAAATAATTTCTCCGCATtgcctgcc < 1:441370/133‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |