| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,246,213 | C→G | intergenic (+86633/+174724) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,246,213 | 0 | C | G | 99.0% | 280.0 / NA | 99 | intergenic (+86633/+174724) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (48/50); minor base A (1/0); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTTTAACGCGTGAATGGACAAAATTGATGTTGTCGTTCAATTCTTTAATGTATTTTTTCGCCACTTTAGGCGCGTCGCCACCCAACACGTCTGCGGTAATGCGCACGGTTTTCTTTAATCCGTCAAAATCCTGAAAACTCACGTGTACGCCTTTTAAGCCTGCTTGGTTCACTTCCTTCAACATGGATTTTTTAGAAAGCAATACGGCATCGGGTTTTTGCGCCAATAATTCTTCAATTTGAATCGTTTCGCCGTTGGTCAAGACAGGTACTTCTTTAATTCTCGGATACACTTCCTTATACCAAGGATTCGCGCTGATCGAAGTCGTGGTTGCCACCAGTTTGTCTGCGCCGCCCAATAACAACACGATTTGATTATTGGCGTGCCACAAATCTGCCACACGTTCTACGCGATCAGGAATATCCACTTGATTGCCATCCACATCGGTGATGATTTTCGCCTGCACGGAAAATGCCAGCAGGGTAGCCG > 1/1245968‑1246457 | tCTTTAACGCGTGAATGGACAAAATTGATGTTGTCGTTCAATTCTTTAATGTATTTTTTCGCCACTTTAGGCGCGTCGCCACCCAACACGTCTGCGGTAATGCGCACGGTTTTCTTTAATCCGTCAAAATCCTGAAAACTCACGTGTACGCCTTTTAAGCCTGCTTGGTTCACTTCCTTCAACATGGATTTTTTAGAAAGCAATACGGCATCGGGTTTTTGCGCCAATAATTCTTCAATTTGAATGGttt > 1:586215/1‑250 (MQ=255) 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1:401007/1‑215 (MQ=255) cGTCTGCGGTAATGCGCACGGTTTTCTTTAATCCGTCAAAATCCTGAAAACTCACGTGTACGCCTTTTAAGCCTGCTTGGTTCACTTCCTTCAACATGGATTTTTTAGAAAGCAATACGGCATCGGGTTTTTGCGCCAATAATTCTTCAATTTGAATGGTTTCGCCGTTGGTCAAGACAGGTACTTCTTTAATTCTCGGATACACTTCCTTATACCAAGGATTCGCGCTGATCGAAGTCGTGGTTGcc > 1:595870/1‑248 (MQ=255) gTCTGCGGTAATGCGCACGGTTTTCTTTAATCCGTCAAAATCCTGAAAACTCACGTGTACGCCTTTTAAGCCTGCTTGGTTCACTTCCTTCAACATGGATTTTTTAGAAAGCAATACGGCATCGGGTTTTTGCGCCAATAATTCTTCAATTTGAATGGTTTCGCCGTTGGTCAAGACAGGTACTTCTTTAATTCTCGGATACACTTCCTTATAc > 1:308543/1‑214 (MQ=255) gTCTGCGGTAATGCGCACGGTTTTCTTTAATCCGTCAAAATCCTGAAAACTCACGTGTACGCCTTTTAAGCCTGCTTGGTTCACTTCCTTCAACATGGATTTTTTAGAAAGCAATACGGCATCGGGTTTTTGCGCCAATAATTCTTCAATTTGAATAGTTTCGCCGTTGGTCAAGACAGGTActtc > 1:898294/1‑186 (MQ=255) cTGCGGTAATGCGCACGGTTTTCTTTAATCCGTCAAAATCCTGAAAACTCACGTGTACGCCTTTTAAGCCTGCTTGGTTCACTTCCTTCAACATGGATTTTTTAGAAAGCAATACGGCATCGGGTTTTTGCGCCAATAATTCTTCAATTTGAATGGTTTCGCCGTTGGTCAAGACAGGTAc > 1:83123/1‑181 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |