| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,224,301 | G→A | intergenic (+64721/+196636) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,224,301 | 0 | G | A | 99.1% | 301.3 / NA | 106 | intergenic (+64721/+196636) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (51/54); minor base T (1/0); total (52/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATGGTTGGATGTTGAATACGGCGTGTTGTTGTTCAATTTGCCATAAATCGTAGTCTGCTTGCATACCCAGCCATAATTTCGGTGTTGTGGTATTCAATAATTCGCTTAATCGCACAGCCATTTCAGGCGTTATACTTGCTTTCCCATTAAGAATGCGGGAAAGCGTAACACGCGAAACACCTAATTTTTGGGCAACCTTCGTGACACTCACGCCATCAATATATTCTTTTAACAGTTCTCCCGGGTGTGGAGGATTGTGCATTCTCATTTTTTCTCCTTAATGATAATCC‑TGATAATCAACAACTTCAGCATGACCATTTTCAAATTTAAATGTTAAGCGCCAATTTCCGTTTACGGTAACTGCCCAATGCTCTTGCAAATCACCTTTAAGTTTGTGCAAATTCCAGCTGGGAACACTCATAGCAAGAGGCGTTTCCGCATTATTTAATGTGGCCAATTGCAGATTTAATTTCTTGGCGTGTTTGGC > 1/1224055‑1224541 | atGGTTGGATGTTGAATACGGCGTGTTGTTGTTCAATTTGCCATAAATCGTAGTCTGCTTGCATACCCAGCCATAATTTCGGTGTTGTGGTATTCAATAATTCGCTTAATCGCACAGCCATTTCAGGCGTTATACTTGCTTTCCCATTAAGAATGCGGGAAAGCGTAACACGCGAAACACCTAATTTTTGGGCAACCTTCGTGACACTCACGCCATCAATATATTCTTTTAACAGTTCTCCCGGGTATgga > 1:777967/1‑251 (MQ=255) 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> 1:558819/1‑164 (MQ=255) gTATTCAATAATTCGCTTAATCGCACAGCCATTTCAGGCGTTATACTTGCTTTCCCATTAAGAATGCGGGAAAGCGTAACACGCGAAACACCTAATTTTTGGGCAACCTTCGTGACACTCACGCCATCAATATATTCTTTTAACAGTTCTCCCGGGTATgg > 1:400079/1‑161 (MQ=255) gTATTCAATAATTCGCTTAATCGCACAGCCATTTCAGGCGTTATACTTGCTTTCCCATTAAGAATGCGGGAAAGCGTAACACGCGAAACACCTAATTTTTGGGCAACCTTCGTGACACTCACGCCATCAATATATTCTTTTAACAGTTCTCCCGGGTATGGAGGATTGTGCATTCTCATTTTTTCTCCTTAATGATAATCC‑TGATAATc > 1:221218/1‑209 (MQ=255) tATTCAATAATTCGCTTAATCGCACAGCCATTTCAGGCGTTATACTTGCTTTCCCATTAAGAATGCGGGAAAGCGTAACACGCGAAACACCTAATTTTTGGGCAACCTTCGTGACACTCACGCCATCAATATATTCTTTTAACAGTTCTCCCGGGTATGGAGGATTGTGCATTCTCATTTTTTCTCCTTAATGATAATCC‑TGATAATCAACAACTTCAGCATGACCATTTTCAAATTTAAATGTTTAgcgc < 1:759083/251‑1 (MQ=255) tATTCAATAATTCGCTTAATCGCACAGCCATTTCAGGCGTTATACTTGCTTTCCCATTAAGAATGCGGGAAAGCGTAACACGCGAAACACCTAATTTTTGGGCAACCTTCGTGACACTCACGCCATCAATATATTCTTTTAACAGTTCTCCCGGGTATGGAGGATTGTGCATTCTCATTTTTTCTCCTTAATGATAATCC‑TGATAATCAACAACTTCAGCATGACCATTTTCAAATTTAAATGTTAAgcg < 1:143082/250‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |