| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,219,620 | A→G | intergenic (+60040/+201317) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,219,620 | 0 | A | G | 96.8% | 326.6 / NA | 125 | intergenic (+60040/+201317) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (68/52); minor base T (4/0); total (72/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GTCATCGGCGCAGCGCCTTCCAATACGCGGGCTTGTAGCGCGCTATCCACCGGCGCCGGTGTTTTGCCGTATTCGCCTTTTAAGATACCGGCGGTTTCTTTGGCGATGGTTTTGTAGCGTTCGCCTGTGAGCACATTAATTACGGATTGGGTACCGACGATTTGTGATGTCGGAGTCACCAACGGAATGTAACCCAAATCTTTGCGTACACGCGGAATTTCTTCCAACACCAGATCCAATTTATCGGAGGCGTTTTGTTGTTTTAATTGGTTTTCCAGGTTGGTGAGCATACCGCCCGGCACTTGCGCCACCAAAATTCGGCTGTCCACGCCGCGAAGCTGACCTTCAAATTTTGCATATTTTTTACGTACATTGCGAAAATACGCTGCGATTTTTTCCAGGCGTGGAATATCCAAGCCGGTGTCGTATTCAGTGCCTTGCAAGGTCGCCACGATGGATTCTGTAGCAGGGTGACCGTAGGTGG > 1/1219378‑1219861 | gtcATCGGCGCAGCGCCTTCCAATACGCGGGCTTGTAGCGCGCTATCCACCGGCGCCGGTGTTTTGCCGTATTCGCCTTTTAAGATACCGGCGGTTTCTTTGGCGATGGTTTTGTAGCGTTCGCCTGTGAGCACATTAATTACGGATTGGGTACCGACGATTTGTGATGTCGGAGTCACCCACGGAATGTAACCCAAATCTTTGCGTACACGCGGAATTTCTTCCCACACCAGATCCAATTTGTCggcggg > 1:182894/1‑247 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ggCTTGTAGCGCGCTATCCACCGGCGCCGGTGTTTTGCCGTATTCGCCTTTTAAGATACCGGCGGTTTCTTTGGCGATGGTTTTGTAGCGTTCGCCTGTGAGCACCTTAATTACGGATTTGGTACCGACGATTTTTGATGTCGGAGTCACCAACGGAATGTAACCCAAAACTTTGCGTACACGCGGAATTTCTTCCAACACCAGATCCAATTTGTCGGAGGCGTTTTGTTGTTTTAATTGGTTTTCCAGGt > 1:606468/1‑251 (MQ=255) ggCTTGTAGCGCGCTATCCACCGGCGCCGGTGTTTTGCCGTATTCGCCTTTTAAGATACCGGCGGTTTCTTTGGCGATGGTTTTGTAGCGTTCGCCTGTGAGCACATTAATTACGGATTGGGTACCGACGATTTGTGATGTCGGAGTCACCAACGGAATGTAACCCAAATCTTTGCGTACACGCGGAATTTCTTCCAACACCAGATCCAATTTGTCGGAGGCGTTTTGTTGTTTTAATTGGTTTTCCAggg > 1:546761/1‑250 (MQ=255) ggCTTGTAGCGCGCTATCCACCGGCGCCGGTGTTTTGCCGTATTCGCCTTTTAAGATACCGGCGGTTTCTTTGGCGATGGTTTTGTAGCGTTCGCCTGTGAGCACATTAATTACGGATTGGGTACCGACGATTTGTGATGTCGGAGTCACCAACGGAATGTAACCCAAATCTTTGCGTACACGCGGAATTTCTTCCAACACCAGATCCAATTTGTCGGAGGCGTTTTGTTGTTTTAATTGGTTTTCCAg < 1:559966/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |