| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 261,375 | G→A | intergenic (+128064/+856) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑TAC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 261,375 | 0 | G | A | 99.2% | 350.3 / ‑4.5 | 130 | intergenic (+128064/+856) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑TAC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (59/70); minor base C (1/0); total (60/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATATTGAGTGGTTTCATCATGTTCTGCGTATAGATAAATAAAAGTGCGGTGAAAAATTACCGCACTTTTTAGAAGTTCAGAATTATTTTTGCTTTTCCATCTGCTTTTTCATTTTAATCAGCTTTTCTTTAATCCGCTGACGTTTCAATGGAGAGAGATAATCCACAAAAAGAATACCGTTTAAATGATCAATTTCATGCTGAATACAAATTGCCAACAGACCATCGGCTTTTAAGGTGAATTCTTTGCCATGACGATCCAGCGCTTTTACAGTCACTTTCTCTTTACGTGGCACTAACGCACGAAATCCGGGAATCGACAAACAACCCTCTTCAATTCCGGTTTCACCTTCCGATTCCAAAATTTCAGGGTTAATCAACACTAACTGGTTTTGTTTGTCACCCTCAATATCAATAGTGATAATACGCTGTAAAATATCCACCTGCGGTGCCGCTAGGCCGATACCGCCTTCCTGATACATGGTATCAAACA > 1/261128‑261619 | atatTGAGTGGTTTCATCATGTTCTGCGTATAGATAAATAAAAGTGCGGTGAAAAATTACCGCACTTTTTAGAAGTTCAGAATTATTTTTGCTTTTCCATCTGCTTTTTCATTTTAATCAGCTTTTCTTTAATCCGCTGACGTTTCAATGGAGAGAGATAATCCACAAAGAGAATACCGTTTAAATGATCAATTTCATGCTGAATACAAATTGCCAACAGACCATCGGCTTTTAAGGTGAATTCTTTACCa > 1:442941/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |