Predicted mutation
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RA	1	1,205,561	C→T	intergenic (+45981/+215376)	unknown → / ← unknown	tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	1,205,561	0	C	T	100.0%	52.7 / NA	21	intergenic (+45981/+215376)	unknown/unknown	tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (10/11);  total (10/11)

TGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCCCCCGACAATCAGGAGGACGCGGAAGAATATTCAAAAGTGCTGGGCAATCGTACTGTAGATAAATTAAGCCATAGTCGCGGAAAAACGTCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCGTTGCTTTTACCACAGGAATTTAGACTAATCGGAGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAACAACAGTAAACCGATACTGTGTAATAAGGCGGTGTACTACAACGATCCTTATGCCGACCA  >  1/1205314‑1205584                                                                                                                                                                                                                                                        |                        tGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGtattac                      <  1:371636/251‑1 (MQ=255)  ggATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACa                     >  1:155298/1‑251 (MQ=255)  ggATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACa                     >  1:197858/1‑251 (MQ=255)  ggATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACa                     >  1:369443/1‑251 (MQ=255)  ggATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACa                     >  1:624122/1‑251 (MQ=255)    ataataTCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:103576/250‑1 (MQ=255)    ataataTCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:37047/250‑1 (MQ=255)    ataataTCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:749766/250‑1 (MQ=255)    ataataTCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:718894/250‑1 (MQ=255)    ataataTCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAAc                   <  1:848076/251‑1 (MQ=255)    ataataTCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAAc                   <  1:530609/251‑1 (MQ=255)         atCGCCTGTAAAATTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATcc              <  1:769815/251‑1 (MQ=255)                     aTTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTAttttataga  >  1:420535/1‑243 (MQ=255)                     aTTCTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGCAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGtattac                      >  1:287737/1‑231 (MQ=255)                        cTATATGCACCCGACAACCAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:858786/230‑1 (MQ=255)                                       aaccAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:684656/212‑1 (MQ=255)                                         ccAGGAGGACGCAGAAGAATATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGtattac                      >  1:79394/2‑211 (MQ=255)                                                    cagaagaaTATTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    >  1:464836/3‑202 (MQ=255)                                                             atTCTAAAGTGCTAGGTAATCGCACTGTAAATAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTAttttat     >  1:659792/1‑203 (MQ=255)                                                                                       gtaaaTAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGtattac                      <  1:795909/161‑1 (MQ=255)                                                                                       gtaaaTAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    >  1:790102/5‑167 (MQ=255)                                                                                       gtaaaTAAATTAAGCCATAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTAttttatag   >  1:200735/5‑177 (MQ=255)                                                                                                       aTAGTCGAGGTAAAACATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    >  1:185440/1‑151 (MQ=255)                                                                                                              aggtaaaaCATCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACAACGATCCTTAtttta      <  1:114465/154‑5 (MQ=255)                                                                                                                                  gTATTACCGACCATGGGCGACCATTACTTTTACCGCAGGAGTTTAGATTAATCGGCGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAATAACAGCAAACCGATTATATGTAATAAGGCAGTGTATTACaa                    <  1:760081/124‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                                        |                        TGGATAATATCGCCTGTAAAATTCTATATGCCCCCGACAATCAGGAGGACGCGGAAGAATATTCAAAAGTGCTGGGCAATCGTACTGTAGATAAATTAAGCCATAGTCGCGGAAAAACGTCCAGTCACAGTATTACCGACCATGGGCGACCGTTGCTTTTACCACAGGAATTTAGACTAATCGGAGAATTTAAAGAAGTGGTGATGTTAAACAACAGTAAACCGATACTGTGTAATAAGGCGGTGTACTACAACGATCCTTATGCCGACCA  >  1/1205314‑1205584

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑