| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,198,893 | A→G | intergenic (+39313/+222044) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,198,893 | 0 | A | G | 98.8% | 228.6 / NA | 85 | intergenic (+39313/+222044) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (45/39); minor base T (0/1); total (45/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
TTAATGAATGAGCAACAAAAACAGTTAGCGTCTCAACGTCGCTCAAACGTTAAGGGCGTTATATTCAATTAATACGGAGTAAAAGATGAAAAAACTTTTTATCGCATTATTTATATTAACTTTAAGTGCTTGTTCAGAAGAAGTTAAAAGTGTGGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAGAATGTGAGAAAAAAGCCGAACCGCTGATGGCAAATTCTAATTGTCGAAACGCAAATAAAGCACAAGCAAGTATTCGACGTATGAATACTCGAGGTGTTAATTTTTCTAATTAGGTTATCATTATGAGATTCTTTGAGAGTATCGATTCTTTCGTTATTCAGTTATTGGATTCAGTTAGTCAATCTATGAGTAGCAATTTTGCTAACTCACTTTTTACAATTATTGGCGTAACACTGACAATTTAC > 1/1198674‑1199118 | ttAATGAATGAGCAACAAAAACAGTTAGCGTCTCAACGTCGCTTAAACGTTAAGGGCGTTATATTCAACTAATATGGAGTAAAAGATGAAAAAACTTTTTATCGCATTATTTATATTCACTTTAAGTGCCTGTTCAGAAGAGGTTAAAAGCGTAGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAAAATGTGAGAAAAAAGCGGAGCCATTAATGGCAAACTCCAATTGtagtaatg < 1:557632/251‑8 (MQ=255) aatgaGCAACAAAAACAGTTAGCGTCTCAACGTCGCTTAAACGTTAAGGGCGTTATATTCAACTAATATGGAGTAAAAGATGAAAAAACTTTTTATCGCATTATTTATATTCACTTTAAGTGCCTGTTCAGAAGAGGTTAAAAGCGTAGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAAAATGTGAGAAAAAAGCGGAGCCATTAATGGCAAACTCCAATTGTAGTAATGCAAAt < 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< 1:198681/213‑1 (MQ=255) atttatATTCACTTTAAGTGCCTGTTCAGAAGAGGTTAAAAGCGTAGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAAAATGTGAGAAAAAAGCGGAGCCATTAATGGCAAACTCCAATTGTAGTAATGCAAATAAAGCACAAGCAAGTATTCGACGTATGAATACTCGAGGTGCTAATTTTTCTAATTAGGTTATCAt < 1:325351/213‑1 (MQ=255) atttatATTCACTTTAAGTGCCTGTTCAGAAGAGGTTAAAAGCGTAGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAAAATGTGAGAAAAAAGCGGAGCCATTAATGGCAAACTCCAATTGTAGTAATGCAAATAAAGCACAAGCAAGTATTCGACGTATGAATACTCGAGGTGCTAATTTTTCTAATTAGGTTATCATTATgag > 1:160224/1‑219 (MQ=255) atttatATTCACTTTAAGTGCCTGTTCAGAAGAGGTTAAAAGCGTAGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAAAATGTGAGAAAAAAGCGGAGCCATTAATGGCAAACTCCAATTGTAGTAATGCAAATAAAGCACAAGCAAGTATTCGACGTATGAATACTCGAGGTGCTAATTTTTCTAATTAGGTTATCATTATg < 1:304672/217‑1 (MQ=255) atttatATTCACTTTAAGTGCCTGTTCAGAAGAGGTTAAAAGCGTAGAGTATTACAAAGAACATACGACTGAACGTCAAAAAATGTTAGAAAAATGTGAGAAAAAAGCGGAGCCATTAATGGCAAACTCCAATTGTAGTAATGCAAATAAAGCACAAGCAAGTATTCGACGTATGAATACTCGAGGTGCTAATTTTTCTAATTAGGTTATCATTATg < 1:328825/217‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |