| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,198,076 | C→T | intergenic (+38496/+222861) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,198,076 | 0 | C | T | 98.5% | 187.0 / ‑4.9 | 68 | intergenic (+38496/+222861) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (33/34); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
AAAGGGCTCGAAACCGCCTTAGCTAAGTTAGATTTAAGCGGTTTAGGGCGTGAAAACTTAAAAATTCTGTCAACCAGTAAGGATAACGCAGAAATCCTACATCAAATTATCGAAGAAGTCGGCGAAGCCGCTAATGACTGGATTCCGATTTATAAACAACGTTGTGTATAAGGAGAACGTGATGAAAATGTTTAAAAAACTCACTTTAATTGCTGTTTTATCTATGCCGGTATTGGTACAAGCCAGCGGTATTCCGGTTGTTGATGCCGCAGCTGCCGGTCAACGTCAAATGAGCATGCTTCAAACGGTGCAACAATGGGCAAAAGAGGCTAAACAGTGGACGGATACAGTTTCGCATTATAAAAATGAGCTGAAAGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACAGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGTTTGTATGGTGAAATAAATGGCTTAAAATCGGAGTTTACCC > 1/1197833‑1198320 | aaaGGGCTCGAAACAGCCTTAGCTAAGTTAGATTTAAGCGGTTTAGGGCGTGAAAACTTAAAAATTCTGTCAACCAGTAAGGATAACGCAGAAATCTTACATCAAATTATTGAAGAAGTTGGCGAAGCCGCTAATGATTGGATTCCAATTTATAAACAACGTTGTGTATAAGGAGAACGTAATGAAAATCTTTAAAAAACTCACTTTAATTGCTGTCTTGTCTATACCGGCATTAGTTCAAGCTAGCGGTa < 1:897662/251‑1 (MQ=255) 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gtcttgtCTATACCGGCATTAGTTCAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCacagacc < 1:872881/186‑2 (MQ=255) gtcttgtCTATACCGGCATTAGTTCAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAAtt < 1:177883/192‑1 (MQ=255) tgtCTATACCGGCATTAGTTCAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGTTTATATGGTGAAATAAATggt > 1:25655/3‑250 (MQ=255) accggcattagttcAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGTTTATATGGTGAAATAAATGGTTTAAAAt < 1:244693/238‑1 (MQ=255) accggcattagttcAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGTTTATATGGTGAAATAAATGGTTTAAAAt < 1:687568/238‑1 (MQ=255) gcattagttcAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGtttata > 1:809715/10‑221 (MQ=255) gttcAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGtttata > 1:809530/4‑215 (MQ=255) tcAAGCTAGCGGTATTCCGGTAGTTGATGGTGCTGCTGCAGGTCAACGGCAAATCAGTATGTTACAAACTGTTCAACAGTGGGCAAAAGAAGCAAAACAATGGACAGAAACCGTATCTCATTACAAAAACGAACTCAAGGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACCGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGTTTATATGGTGAAATAAATGGTTTAAAATCGGAGTTTAccc < 1:245680/250‑1 (MQ=255) | AAAGGGCTCGAAACCGCCTTAGCTAAGTTAGATTTAAGCGGTTTAGGGCGTGAAAACTTAAAAATTCTGTCAACCAGTAAGGATAACGCAGAAATCCTACATCAAATTATCGAAGAAGTCGGCGAAGCCGCTAATGACTGGATTCCGATTTATAAACAACGTTGTGTATAAGGAGAACGTGATGAAAATGTTTAAAAAACTCACTTTAATTGCTGTTTTATCTATGCCGGTATTGGTACAAGCCAGCGGTATTCCGGTTGTTGATGCCGCAGCTGCCGGTCAACGTCAAATGAGCATGCTTCAAACGGTGCAACAATGGGCAAAAGAGGCTAAACAGTGGACGGATACAGTTTCGCATTATAAAAATGAGCTGAAAGCGTATGCCGACCAATTAGCCTCACAGACAGGAATTCGTGATGTACAAGCCTTTATTGGTGAAGCGCATAGTTTGTATGGTGAAATAAATGGCTTAAAATCGGAGTTTACCC > 1/1197833‑1198320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |