| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,188,113 | C→T | intergenic (+28533/+232824) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,188,113 | 0 | C | T | 90.3% | 134.6 / ‑4.4 | 62 | intergenic (+28533/+232824) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/6); new base T (27/29); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGTGCGGTGGGTTTTACCGATGTTTTTTACGGTATATCAACAAAAAATCGTAGAGAGTTGTCCCCCCTACGATTTTTTTATCGTTCGCTACAACCCTGGTGCCTTCCACAAAGAAGTAGTTAATCCGCTATCAACCAGTTGTAATTGTTTTTTATAAGTATCTGCCCATTGTGCTTTGTGAGCTTGGTATAAAGCATAGTTATCGGGATTCGGTTGATGTTGCCGTTCAAATTTAACCAGTTTTTCCCCCACCTCGGCTAAGGTCGAATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGACAATGGAGGTTAATTTAACTCCTGAGAATTTTTGCACCTGATCCAAATTGCAGGAAGAAACGATAGCAGCATTTTCTTC > 1/1187866‑1188356 | aaaGTGCGGTGGGTTTTACCGATGTTTTTTACGGTATATCAACAAAAAATCGTAGAGAGTTGTCCCCCCTACGATTTTTTTATCATTCGCTACAACCCTGGTGCCTTCTACAAAGAAGTAGTTAATCCGCTATCAACCAGTTGTAATTGTTTTTTATAAATATCTGCCCATTGTGCTTTGTGAGCTTGGTATAAAGCATAGTTATCGGGATTCGGTTGATGTTGCCGTTCAAATTTAACCAGTTTTTtccc < 1:471575/251‑1 (MQ=255) 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aTTCGGTTGATGTTGCCGTTCAAATTTACCCATTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGACAATGGAGGTTAATTTAACTCCTGAGAATTTTTGCACCTGATCCAAAt < 1:598396/251‑1 (MQ=255) aTTCGGTTGATGTTGCCGTTCAAATTTAACCAGTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGACAATGGAGGTTAATTTAACTCCTGAGAATTTTTGCACCTGATCCAAAt > 1:363283/1‑251 (MQ=255) ggTTGATGTTGCCGTTCAAATTTAACCAGTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGAc > 1:407676/1‑200 (MQ=255) gTTGATGTTGCCGTTCAAATTTAACCAGTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAgcgc > 1:652220/1‑100 (MQ=255) aaTTTAACCAGTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGAc > 1:158142/1‑182 (MQ=255) aaTTTAACCAGTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGACAATGGAGGTTAATTTAACTCCTGAGAATTTTTGCACCTGATCCAAATTGCAGgaagaa > 1:482650/1‑240 (MQ=255) gTTTTTTCCCCGCCTCGGCTAAGGTCGGATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGACAATGGAGGTTAATTTAACTCCTGAGAATTTTTGCACCTGATCCAAATTGCAGGAAGAAACGATAGCAGCATTttcttc > 1:751800/1‑250 (MQ=255) | AAAGTGCGGTGGGTTTTACCGATGTTTTTTACGGTATATCAACAAAAAATCGTAGAGAGTTGTCCCCCCTACGATTTTTTTATCGTTCGCTACAACCCTGGTGCCTTCCACAAAGAAGTAGTTAATCCGCTATCAACCAGTTGTAATTGTTTTTTATAAGTATCTGCCCATTGTGCTTTGTGAGCTTGGTATAAAGCATAGTTATCGGGATTCGGTTGATGTTGCCGTTCAAATTTAACCAGTTTTTCCCCCACCTCGGCTAAGGTCGAATAAATGCCGACTCCGACGCCTGCGGCAATGGCACAACCCAGCGCTGTAGCTTCTTTGACAATCGGAATGTTTACCGTTAATCCGGTGACATCGGCTAAGATCTGGCTCCATAATTTGCCTTTAGACCCGCCGCCGGCAAAGACAATGGAGGTTAATTTAACTCCTGAGAATTTTTGCACCTGATCCAAATTGCAGGAAGAAACGATAGCAGCATTTTCTTC > 1/1187866‑1188356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |