| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,177,646 | G→A | intergenic (+18066/+243291) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,177,646 | 0 | G | A | 98.4% | 152.8 / NA | 63 | intergenic (+18066/+243291) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (35/27); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
AATTCCTCAAATCGTTCTTCTCGGCTTTCGCCGTTATGTCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTGCTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACCGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACGGAATCGTGTGTTCCAAAT > 1/1177399‑1177891 | aaTTCCTCAAATCGTTCTTCTCGGCTTTCGCCGTTATGTCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACtt < 1:104908/251‑1 (MQ=255) ccTCAAATCGTTCTTCTCGGCTTTCGCCGTTATGTCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTTGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAAGCGTGCCGCTTTTTACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACtttta > 1:790479/1‑248 (MQ=255) cAAATCGTTCTTCTCGGCTTTCGCCGTTATGTCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATTGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGGGCCGCCTTTTACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTaacaaa > 1:500178/1‑251 (MQ=255) ccGTTATGTCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGGACGTAATTGGCATATCGTTTGGAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGGCGCTTTTGACTTTTTTACGAATTATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTTACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGaa > 1:427154/1‑250 (MQ=255) tCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGCAAGTAATGGGCATATCGGTTGTAGTTATAATGGATTTTCTCGCTAAATTGGCCCCCGCACTCCAACCGAAATAAAGCGTGCCGGTTTTGACTTTTTCTAGAATAAAACTCAATAAAACATGCTCATACATTTATATTAAAAAACAAAAAGTATTGCCGCCGCCCATAGccat > 1:388559/1‑246 (MQ=255) cGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACAt < 1:757965/251‑1 (MQ=255) gggACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAAAGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCCGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCCCCGCCGATAGCGATCACAt > 1:885839/1‑250 (MQ=255) ggACTTTGCCGGAAATGAAATTCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGGACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATc < 1:675416/250‑1 (MQ=255) ggACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATc < 1:113815/250‑1 (MQ=255) ccGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTc < 1:171967/251‑1 (MQ=255) aTTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGACCGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCtt < 1:92028/251‑1 (MQ=255) ttGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGc < 1:896348/251‑1 (MQ=255) aTAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCg < 1:478577/250‑1 (MQ=255) tAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGGATATCGTTTGTAATCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCCACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTTTCCTTTTTACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAAAAGAAAGTATTTTCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCggg > 1:548750/1‑249 (MQ=255) aaCAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTAc < 1:827014/251‑1 (MQ=255) aGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATc < 1:743016/201‑1 (MQ=255) 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gATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAAAAAACAGAACGTATTGCCGCCCCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCgtgggggacaga > 1:405199/1‑242 (MQ=255) aTTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTAcag < 1:11398/248‑3 (MQ=255) aTTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTAcag < 1:302413/248‑3 (MQ=255) 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gTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGAc > 1:30340/1‑226 (MQ=255) cGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACtt < 1:77258/135‑1 (MQ=255) gTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGc < 1:614075/208‑1 (MQ=255) gTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAAt > 1:489083/1‑251 (MQ=255) 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cAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTaaaa > 1:42111/1‑236 (MQ=255) cAATAAATCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACg > 1:376674/1‑251 (MQ=255) aaaTCATGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGttt < 1:144096/174‑1 (MQ=255) tGCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACGGAATCgtgtg > 1:678150/1‑251 (MQ=255) gCTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACGGAATCgtgtgt > 1:394009/1‑251 (MQ=255) cTCATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGATCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATa < 1:520493/213‑1 (MQ=255) cATACATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATAc > 1:315341/1‑212 (MQ=255) cATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACGGAATCGTGTGTTCCAAAt < 1:894619/251‑1 (MQ=255) cATTTACTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACAGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACGGAATCGTGTGTTCCAAAt > 1:547764/1‑251 (MQ=255) | AATTCCTCAAATCGTTCTTCTCGGCTTTCGCCGTTATGTCCCGGGACTTTGCCGGAAATGAAATGCGGATTAATTTGATAAGGGAACAGATTAAGCGCATCAAATGACGGCGGGTACGTAATGGGCATATCGTTTGTAGTCATAATGGATTTGCTCGCTACATTGGCGCCGGCACTCCAACCGAAATAAGGCGTGCCGCTTTTGACTTTTTCACGAATAATGCTCAATAAATCATGCTCATACATTTGCTTTAACAAACAGAACGTATTGCCGCCGCCGATAGCGATCACATCCGCCTGTTCAATAATGGCACGATGTGGCTTGCCGTGGTGTACCGACTGAATTTCCATGTTCAACGGCGCCAGAATTTGTTGTACTTTTTGCTCATATTGATCGTTGTTTTGGCGCACACCCGCGTAAGGTACAAAGGCGATTTTCTTGCCTTGATACGCTGCTAAAAAATCTTGTAGCCACGGAATCGTGTGTTCCAAAT > 1/1177399‑1177891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |