| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,173,661 | C→T | intergenic (+14081/+247276) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,173,661 | 0 | C | T | 98.6% | 166.6 / NA | 69 | intergenic (+14081/+247276) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (37/31); minor base G (0/1); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCTGGCAGGTTTCACTTTTTTGCGGATCGATACAAATAATGCGTTTGCCGGTGGCTT‑GGAATTTTTTGAAATAGTCAATGCCGTGTTGATCGGTGGACATCCACGCAATACGCATGGTGGTGAGCGGGTTTGCCGACCAAAGTACGATAATATCGCTGTGTTCCAGCACGGATTCCCAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCCGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACGTCCGCGCATGGTGGTGTCGCTTT > 1/1173417‑1173897 | aTCTGGCAGGTTTCACTTTTTTGCGGATCGATACAAATAATGCGTTTGCCGGTGGCTT‑GGAATTTTTTGAAATAGTCAATGCCGTGTTGATCGGTGGACATCCACGCAATACGCATGGTGGTGAGCGGGTTTGCCGACCAAAGTACGATAATATCGCTGTGTTCCAGCACGGATTCCCAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCtggtgg < 1:603268/250‑1 (MQ=255) 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gATTCCCAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGt > 1:341310/1‑96 (MQ=255) gATTCCCAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAg > 1:891453/1‑251 (MQ=255) ttCCCAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAgcg > 1:240984/1‑251 (MQ=255) cccAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAg > 1:790010/1‑144 (MQ=255) ggTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAgg > 1:165223/1‑128 (MQ=255) ggTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATcc > 1:508589/1‑250 (MQ=255) tgCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGaca > 1:720561/1‑250 (MQ=255) cTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACAcg > 1:758616/1‑250 (MQ=255) cTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACAcg > 1:58202/1‑250 (MQ=255) gTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGTGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACg > 1:94072/1‑251 (MQ=255) gTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACg > 1:127438/1‑251 (MQ=255) gCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACg > 1:70309/1‑249 (MQ=255) cATAATCACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGAAAAACCCACCAGTGGGGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACGTCCGCGCATGGTGgtgt < 1:342977/251‑1 (MQ=255) cACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGGAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACGTCCGCGCATGGTGGTGTCGCttt > 1:890793/1‑251 (MQ=255) cACTTGCGCCGCGCTGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCAccc > 1:476891/1‑218 (MQ=255) | ATCTGGCAGGTTTCACTTTTTTGCGGATCGATACAAATAATGCGTTTGCCGGTGGCTT‑GGAATTTTTTGAAATAGTCAATGCCGTGTTGATCGGTGGACATCCACGCAATACGCATGGTGGTGAGCGGGTTTGCCGACCAAAGTACGATAATATCGCTGTGTTCCAGCACGGATTCCCAACTGGTTTGTTGCTCATACACTTCGATGGTGCCAAGCACGTGCGGCATAATCACTTGCGCCGCGCCGGTGGAGTAGTCGCCTTTATGTCCGACAAAACCGCCAGTGGCGTTCATATAACGTTGTAATAAGGTGCGGGAAGCGTGTAATGCGCCACAGCTAAACCAGCCGTAAGAACCGGCGAAAATGCCTGTCGGGCCGTGTTCATCACGCACGCGTTTTAATTGTTCGTGCACCAAATCCAGCGCTTCATCCCAAGACACGCGCACCCATTCGTCACGTCCGCGCATGGTGGTGTCGCTTT > 1/1173417‑1173897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |