| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,138,302 | T→C | intergenic (+1253/‑21202) | unknown → / → unknown | LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,138,302 | 0 | T | C | 98.6% | 195.7 / ‑5.0 | 70 | intergenic (+1253/‑21202) | unknown/unknown | LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (41/28); total (42/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GGCGTAGGATACCAAGGAGGCTAAATAAGTGCCGGTTTTTATATCGCTGACCACGTTATTGATTGTCCAGGCAAAAAACAGAATTAAAATGGCGCCAAGCATGGATTTCACGCCCAGTACCCAGGCTTTGACATATTCATGCAGGCTTACCAGACGATCGGATAAAATACAAATGGACGCAATAATCACCGCACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCATCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTCAAAGCTGAAATAGGCTACGAAGAACACCATTAAAATAGAGAAAAT > 1/1138058‑1138546 | ggCGTAGGATACCAAGGAGGCTAAATAAGTGCCGGTTTTTATATCGCTGACCACGTTATTGATTGTCCAGGCAAAAAACAGAATTAAAATGGCGCCAAGCATGGATTTCACGCCCAGTACCCAGGCTTTGACATATTCATGCAGGCTTACCAGACGATCGGATAAAATACAAATGGACGCAATAATCACCGCACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGta > 1:719057/1‑251 (MQ=255) tAGGATACCAAGGAGGCTAAATAAGTGCCGGTTTTTATATCGCTGACCACGTTATTGATTGTCCAGGCAAAAAACAGAATTAAAATGGCGCCAAGCATGGATTTCACGCCCAGTACCCAGGCTTTGACATATTCATGCAGGCTTACCAGACGATCGGATAAAATACAAATGGACGCAATAATCACCGCACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATAc < 1:892699/250‑1 (MQ=255) tAGGATACCAAGGAGGCTAAATAAGTGCCGGTTTTTATATCGCTGACCACGTTATTGATTGTCCAGGCAAAAAACAGAATTAAAATGGCGCCAAGCATGGATTTCACGCCCAGTACCCAGGCTTTGACATATTCATGCAGGCTTACCAGACGATCGGATAAAATACAAATGGACGCAATAATCACCGCACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATAc < 1:880552/250‑1 (MQ=255) ggATACCAAGGAGGCTAAATAAGTGCCGGTTTTTATATCGCTGACCACGTTATTGATTGTCCAGGCAAAAAACAGAATTAAAATGGCGCCAAGCATGGATTTCACGCCCAGTACCCAGGCTTTGACATATTCATGCAGGCTTACCAGACGATCGGATAAAATACAAATGGACGCAATAATCACCGCACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGa > 1:884746/1‑251 (MQ=255) 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cACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATg > 1:114156/1‑251 (MQ=255) cACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATg > 1:825992/1‑251 (MQ=255) cACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATg > 1:318098/1‑251 (MQ=255) aCTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGc < 1:845708/109‑1 (MQ=255) caccacCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTCAAAg > 1:813894/1‑251 (MQ=255) cTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAAtt > 1:346663/1‑128 (MQ=255) aaGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTc < 1:465056/232‑1 (MQ=255) cacCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCAt < 1:694606/85‑1 (MQ=255) ccTACGGTGGTATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGc < 1:686724/49‑1 (MQ=255) gtggtATTTTCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTCAAAGCTGAAATAGGCTACGAAGAACACCATTaa > 1:223647/1‑251 (MQ=255) ttCAAAGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTCAAAGCTGAAATAGGCTACGAAGAACACCATTAAAATAgaga < 1:105240/251‑1 (MQ=255) aaGGCACCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTCAAAGCTGAAATAGGCTACGAAGAACACCATTAAAATAGAGAAAAt < 1:4654/251‑1 (MQ=255) | GGCGTAGGATACCAAGGAGGCTAAATAAGTGCCGGTTTTTATATCGCTGACCACGTTATTGATTGTCCAGGCAAAAAACAGAATTAAAATGGCGCCAAGCATGGATTTCACGCCCAGTACCCAGGCTTTGACATATTCATGCAGGCTTACCAGACGATCGGATAAAATACAAATGGACGCAATAATCACCGCACTTACACCACCGGTGACTAAAGATACACCTACGGTGGTATTTTCAAAGGCATCAAGTATACTGAACGGCTTTCCGCTAGCTGTTAAGGCTAGGTTACCAGTGTATAGCATGGCAGAAATTGTTATGATAATAAGGGTGATAATTGGTAATACTAAATTGCGTACATGACCGTTTATGCCTGAAAGCGCTTCTCCTTGCGTATTTTCTGTTTCCAATGCCAGCCTTTCATGTCTTGCCATGGGACCGATGTCAAAGCTGAAATAGGCTACGAAGAACACCATTAAAATAGAGAAAAT > 1/1138058‑1138546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |