| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,122,483 | C→A | intergenic (‑62930/‑9620) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,122,483 | 0 | C | A | 100.0% | 233.1 / NA | 82 | intergenic (‑62930/‑9620) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (38/44); total (38/44) | |||||||||||
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1:667717/1‑234 (MQ=255) gTGCGAAATTCCCAATTGTCATCGGAATGTTGCTTGATCAAGCGCGCGACCACTTCTTCCGTTTTGGCTAATTCGGTGATGTCGCGTGGTTCAAGCATACCGATAATTTCTGGTAAACCGCGTCGAATTAATAACGGTTTTTTCTGCCAGTAATCGCGTAAAAAGATTTCCGGTGTAATATTTTGAGGTAAACAAAAt > 1:448871/1‑198 (MQ=255) | CCAACGGCGATGACCGTAAGCCTGCACCAGGAAGACATCGTATTCATCATAATGTTTGCCGACAGAACCGCCTTGTGGCGCGAAAGATACCATGATGTCATCACGTTGCCATTGCGGAATAAAGTCGAATTTTCGCCATAAATTGCCTAATAACGGCGACCATTGCTCCATATCTTGCACTAAAACCGACCATTTTTCAGGCAGGTTATCAAAATCTTCTTTGGATAACGGACTGGTGCGCAATTCCCAATTGTCATCGGAATGTTGCTTGATCAAGCGCGCGACCACTTCTTCCGTTTTGGCTAATTCGGTGATGTCGCGTGGTTCAAGCATACCGATAATTTCTGGTAAACCGCGTCGAATTAATAACGGTTTTTTCTGCCAGTAATCGCGTAAAAAGATTTCCGGTGTAATATTTTGAGGTAAACAAAATTTGTTCATATACATTCCTTCAATGTGTTGAATAAGTGTTATTATTTTTTC > 1/1122243‑1122725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |