| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,107,268 | G→A | intergenic (‑47715/‑24835) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,107,268 | 0 | G | A | 100.0% | 134.7 / NA | 51 | intergenic (‑47715/‑24835) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (29/22); total (29/22) | |||||||||||
TTATCTTGATCAAACTCGTAAACCAAACCTGTATTCCAACCGAATCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTATTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACGCCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTAAATCCGTTAT‑A‑CCG‑CCAAAAATACCGGCATCATAATCGCGGGAATATTCACTCTTTAAACCAAAGTTAACATTCATTCCCGCACCTAAAGTAAACTTATCATTGAT > 1/1107038‑1107501 | ttATCTTGATCAAACTCGTAAACCAAACCTGTATTCCAACCGAATCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGc < 1:25135/251‑1 (MQ=255) gATCAAACTCGTAAACCAAACCTGTATTCCAACCGAATCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGa > 1:682030/1‑251 (MQ=255) accTGTATTCCAACCGAATCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCAt < 1:74247/251‑1 (MQ=255) ccTGTATTCCAACCGAATCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCa > 1:819384/1‑234 (MQ=255) 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aTCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTaaaccg > 1:145631/1‑251 (MQ=255) gTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATAc < 1:875369/191‑1 (MQ=255) gTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGacac > 1:785324/1‑227 (MQ=255) gTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTa > 1:688946/1‑251 (MQ=255) ctctTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCCGATTTTTTAAATTATTGCTAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGCAACCGGCAGTTaaa > 1:299357/1‑251 (MQ=255) ctctTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTaaa > 1:271855/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) tGATAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGAc < 1:882190/240‑1 (MQ=255) tAGTTCTTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTc < 1:253072/157‑1 (MQ=255) tctttGTGCTAAACCGTCGGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAat < 1:587017/195‑1 (MQ=255) tctttGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTaaac < 1:142927/177‑1 (MQ=255) tctttGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGAcc < 1:483406/216‑1 (MQ=255) gtgCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGAc > 1:851237/1‑212 (MQ=255) ccGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAGACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGAccc > 1:427952/1‑206 (MQ=255) tCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTAAATCCGTTAT‑A‑CCG‑CCAAAAAt < 1:180674/251‑1 (MQ=255) 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ctctTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTAAATTCCTTAT‑ACCCC‑CCAAAAAAACC‑GCATCATAATCGCGGGGAAATTTACTCttt > 1:594875/1‑251 (MQ=255) cTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTAAATCCGTTAT‑A‑CCC‑CCAAAAAAAACGGCCTCATAATCCCGGGGATATTCACTCTTTTAAACaaaaataaa > 1:571127/1‑245 (MQ=255) tCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTAAATCCGCTAT‑A‑CCC‑CCCAAAAAACCGGCATCATAAACGCCGGAAAATTCACTCTTTTAACCAAAGTTAAcattcatt > 1:877612/1‑250 (MQ=255) aCATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATAc < 1:297364/130‑1 (MQ=255) aCATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTTAATCCGTTAT‑A‑CCG‑CCAAAAAAAACCGCATCATAATCGCGGGAATATTTACTCTTTAAAACAAAATTAAaattcatttccccac > 1:427102/1‑243 (MQ=255) gTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTaaac > 1:499545/1‑95 (MQ=255) gTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATAc > 1:866846/1‑125 (MQ=255) gTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACgg < 1:197255/127‑1 (MQ=255) gTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACACCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGGTAAAATCGTTATAA‑CCC‑CCAAAAA‑AACGGCATCATAAACGCGGGGATATTTACTCTTTTAACCAAAATTAACATTCATTCCCGCACCTaaaa > 1:110249/1‑250 (MQ=255) 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TTATCTTGATCAAACTCGTAAACCAAACCTGTATTCCAACCGAATCCCCAAGCATTGTCTCTTAGGTGTACAAGCGAATCTGCTTTATCCAGATTTTTTAAATTATTGATAGTTATTTGTGCTAAACCGTCAGCAATAGCCTGCGGAATTGTCGGATTTTTGGCTCTTATTCTCGCGCTTAATAATCTTTTTACATTGTCCTCACCCATAGAATTCAGTGCATTTTTGACGCCGGTAATGGCGATACCGGCAGTGCGATCAAGTTCTGCTTTCGCATAGACACCATTTAAACCGAAACCGGCAGTTAAATTATTAGTAATACGGTATGACCCACTAAGATTCAGACTAATGGCGGTTAAATCCGTTAT‑A‑CCG‑CCAAAAATACCGGCATCATAATCGCGGGAATATTCACTCTTTAAACCAAAGTTAACATTCATTCCCGCACCTAAAGTAAACTTATCATTGAT > 1/1107038‑1107501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |