| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,104,709 | G→A | intergenic (‑45156/‑27394) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,104,709 | 0 | G | A | 100.0% | 156.1 / NA | 59 | intergenic (‑45156/‑27394) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (34/25); total (34/25) | |||||||||||
CGATAATTAAGGTGACACCGATCAGGATCAGGAAGGCGAGTGCTAAAATTTTAAATGTCGGATGATTTTCAACAAAATCGCCGATAGGTTTGGCTGCGAACATCATCATACCAACGGCAATGACAATTGCGGTCACCATGATTTCGATTTGATTTACTATGCCGACGGCAGTGATGACAGAATCTAACGAGAAAACAATATCTAATAAGGCAATTTCAATTAATACTCCGAGGAAACTAGCTTTTTTGCTGATTTGGTGATGTTCTTCTTCTGTGTGTGGTGTCATGGCTTCACGAATCTCGTTAGTACTTTTTATAATTAAGAATAATCCACCAAAAAATAAAATTAAATCCCGACCGGAAAAGCCTTTGCCGAATAACTCAAAGAGCGGTTCGGTAAGGTGTATCATCCAAGAAAGAGTCAATAGCAGTAAAATGCGGGTTCCCATAGCCAAGGTTAAACCGATAATACGTCCCGGTTGACG > 1/1104470‑1104953 | cGATAATTAAGGTGACACCGATCAGGATCAGGAAGGCGAGTGCTAAAATTTTAAATGTCGGATGATTTTCAACAAAATCGCCGATAGGTTTGGCTGCGAACATCATCATACCAACGGCAATGACAATTGCGGTCACCATGATTTCGATTTGATTTACTATGCCGACGGCAGTGATGACAGAATCTAACGAGAAAACAATATCTAATAAGGCAATTTCAATTAATACTCCGAGGAAACTAACTTTTTTg > 1:117023/1‑248 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |