| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,086,760 | T→C | intergenic (‑27207/‑45343) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,086,760 | 0 | T | C | 100.0% | 155.7 / NA | 57 | intergenic (‑27207/‑45343) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (25/32); total (25/32) | |||||||||||
GTTTCATACAGGAATTTACGTTGGTTTTTATGTGCCAGTTCACGTAATTTGTGATAATAATCCAACGCGCGGGTATTGGCTTTTTTATTCGGAGTCACCACATGGAACCCTTCCGCTAAGGCGCGTTCGTATAAACCGGCCAAGGATTCCGCCGACGTGCAATCCACGAAAACCGGGTTCACCACATGATGCAATTTAATGAAAGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGATGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTCATTGAGCAACATTTTGTTGGAATTCGCGAGGGCGCAAACGCGAATTTCAATGTCTTTCTTTGCTAAATACTCTTTTTGGTGTTTGATTTGCTCAATTAATTCGCCACCGACACCGCCGACACCCACAAGAAACACTTCAACGATCTTTTTGTTATTAAATAACGCTTGGTGCGTTGCTTTTACG > 1/1086533‑1087000 | gTTTCATACAGGAATTTACGTTGGTTTTTATGTGCCAGTTCACGTAATTTGTGATAATAATCCAACGCGCGGGTATTGGCTTTTTTATTCGGAGTCACCACATGGAACCCTTCCGCTAAGGCGCGTTCGTATAAACCGGCCAAGGATTCCGCCGACGTGCAATCCACGAAAACCGGGTTCACCACATGATGCAATTTAATGAAAGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGt > 1:23670/1‑250 (MQ=255) 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caccacATGGAACCCTTCCGCTAAGGCGCGTTCGTATAAACCGGCCAAGGATTCCGCCGACGTGCAATCCACGAAAACCGGGTTCACCACATGATGCAATTTAATGAAAGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAAt < 1:16375/176‑1 (MQ=255) ccacATGGAACCCTTCCGCTAAGGCGCGTTCGTATAAACCGGCCAAGGATTCCGCCGACGTGCAATCCACGAAAACCGGGTTCACCACATGATGCAATTTAATGAAAGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAAtt < 1:663592/175‑1 (MQ=255) ccacATGGAACCCTTCCGCTAAGGCGCGTTCGTATAAACCGGCCAAGGATTCCGCCGACGTGCAATCCACGAAAACCGGGTTCACCACATGATGCAATTTAATGAAAGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTc < 1:486566/187‑1 (MQ=255) ccacATGGAACCCTTCCGCTAAGGCGCGTTCGTATAAACCGGCCAAGGATTCCGCCGACGTGCAATCCACGAAAACCGGGTTCACCACATGATGCAATTTAATGAAAGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTCATTGAGCAACATTTTGTTGGAATTCGCGAg < 1:209089/217‑1 (MQ=255) 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< 1:326746/212‑1 (MQ=255) aaaGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTCATTGAGCAACATTTTGTTGGAATTCGCGAGGGCGCAAACGCGAATTTCAATGTCTTTCTTTGCTAAATACTCTTTTTGGTGTTTGATTTGCTCAATTAATTCGCCGCCGACACCGCCGACACCCACAAGAAacac < 1:172154/218‑1 (MQ=255) aaaGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTCATTGAGCAACATTTTGTTGGAATTCGCGAGGGCGCAAACGCGAATTTCAATGTCTTTCTTTGCTAAATACTCTTTTTGGTGTTTGATTTGCTCAATTAATTCGCCGCCGACACCGCCGACACCCACAAGAAACACTTCAACGATCTTTTTGTTATTAAATAACGCTTg > 1:137050/1‑251 (MQ=255) aaaGAGAGCAGTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTCATTGAGCAACATTTTGTTGGAATTCGCGAGGGCGCAAACGCGAATTTCAATGTCTTTCTTTGCTAAATACTCTTTTTGGTGTTTGATTTGCTCAATTAATTCGCCGCCGACACCGCCGACACCCACAAGAAACACTTCAACGATCTTTTTGTTATTAAATAACGCTTg > 1:274870/1‑251 (MQ=255) gTACGTCGAAATCCGACGGTTGGGTGGCGTTTTCTAAGTCCGTTTGCCAATGATCTAAATTTAAGCCGTTTTCATTGAGCAACATTTTGTTGGAATTCGCGAg > 1:244988/1‑103 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |