| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,077,590 | T→C | intergenic (‑18037/‑54513) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,077,590 | 0 | T | C | 100.0% | 164.3 / NA | 58 | intergenic (‑18037/‑54513) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GGA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (30/28); total (30/28) | |||||||||||
GTGCGGTCGGTTTCCGTGATGAATTTTTGCTCCTGCGCCCACACGATGGCATTTTCTACCGCACTTAAAGGCAAGCCGGTAAGCTGCTCAAAGTCGCTTTTCGGGACGGGTTCCAACAAGCGGAAGCGATTCATAAAGAACTCGAACGGACGATCTTCCGCGCTCACCAGTCGTTCCTCATACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGTCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTGGCGTAGGCAGAGGTTTCGTATTGTTGATAACCGGCGGCAGTGAGTAATTGATGCCCTTGCTCGAAAATATCCCACAGTTCGTCATCGTCGGGCAGCGTCGGCGGGCGATAAGCAAACATGGTGTTCGGTTCGATGG > 1/1077347‑1077827 | gTGCGGTCGGTTTCCGTGATGAATTTTTGCTCCTGCGCCCACACGATGGCATTTTCTACCGCACTTAAAGGCAAGCCGGTAAGCTGCTCAAAGTCGCTTTTCGGGACGGGTTCCAACAAGCGGAAGCGATTCATAAAGAACTCGAACGGACGATCTTCCGCGCTCACCAGTCGTTCCTCATACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAgg > 1:389968/1‑251 (MQ=255) 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1:596275/196‑1 (MQ=255) ccGGTAAGCTGCTCAAAGTCGCTTTTCGGGACGGGTTCCAACAAGCGGAAGCGATTCATAAAGAACTCGAACGGACGATCTTCCGCGCTCACCAGTCGTTCCTCATACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATg > 1:643780/1‑248 (MQ=255) ccGGTAAGCTGCTCAAAGTCGCTTTTCGGGACGGGTTCCAACAAGCGGAAGCGATTCATAAAGAACTCGAACGGACGATCTTCCGCGCTCACCAGTCGTTCCTCATACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGtt < 1:26807/250‑1 (MQ=255) tCAAAGTCGCTTTTCGGGACGGGTTCCAACAAGCGGAAGCGATTCATAAAGAACTCGAACGGACGATCTTCCGCGCTCACCAGTCGTTCCTCATACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAAcc < 1:521633/251‑1 (MQ=255) 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> 1:79470/1‑169 (MQ=255) tACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTGGCGTCGGCAGAGGTTTCGTATTGTTGATAACCGGCGGCAGTGAGTAATTg > 1:440398/1‑215 (MQ=255) tACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTGGCGTAGGCAGAGGTTTCGTATTGTTGATAACCGGCGGCAGTGAGTAATTg < 1:252849/215‑1 (MQ=255) tACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTGGCGTAGGCAGAGGTTTCGTATTGTTGATAACCGGCGGCAGTGAGTAATTg > 1:497620/1‑215 (MQ=255) cAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTGGCGTAGGCAGAGGTTTCGTa > 1:51971/1‑183 (MQ=255) 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atatTGCCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTgg < 1:225746/109‑1 (MQ=255) | GTGCGGTCGGTTTCCGTGATGAATTTTTGCTCCTGCGCCCACACGATGGCATTTTCTACCGCACTTAAAGGCAAGCCGGTAAGCTGCTCAAAGTCGCTTTTCGGGACGGGTTCCAACAAGCGGAAGCGATTCATAAAGAACTCGAACGGACGATCTTCCGCGCTCACCAGTCGTTCCTCATACAAATACTCTCCGCGCATATAGCCTTTCGGGTGCTTGGTTTTGCTGTAACGCAGAATATTGTCATTAGGAAAATTGAGCTTGCCGTGTGCGCCGCAACCGATGGCAAGATAATCGCCGAATCGCCAATAATTTAAATTATGTTGGCACTGAAAACCCGCTTTGGCGTAGGCAGAGGTTTCGTATTGTTGATAACCGGCGGCAGTGAGTAATTGATGCCCTTGCTCGAAAATATCCCACAGTTCGTCATCGTCGGGCAGCGTCGGCGGGCGATAAGCAAACATGGTGTTCGGTTCGATGG > 1/1077347‑1077827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |