| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,057,055 | G→A | intergenic (+16132/+2409) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Trp‑CCA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,057,055 | 0 | G | A | 98.7% | 202.0 / NA | 76 | intergenic (+16132/+2409) | unknown/unknown | tRNA‑Trp‑CCA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/28); minor base C (0/1); total (47/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAATAAAAAAGCCAAATTATTCGATGATAATTGGCTTTTGAAAAACACTGAATTAATTGACCGCACTTCTGGAAACGGTTTTCTTACGACGACCGCTTTTCACTGCCGAAATTGGATCCAGCTTGACAAACTCAACGCCTAACGGCGGATTTTCCAGTGCAAGGCCTAGCACTTCGTCGATGGTCTCCACCGCATGAATCTTCAGATCACGTTTTGCATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACGTTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAATATCACGTTTTTCGTGG > 1/1056808‑1057301 | cAATAAAAAAGCCAAATTATTCGATGATAATTGGCTTTTGAAAAACACTGAATTAATTGACCGCACTTCTGGAAACGGTTTTCTTACGACGACCGCTTTTCACTGCCGAAATTGGATCCAGCTTGACAAACTCAACGCCTAACGGCGGATTTTCCAGTGCAAGGCCTAGCACTTCGTCGATGGTCTCCACCGCATGAATCTTCAGATCACGTTTTGCATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTa > 1:72014/1‑251 (MQ=255)cAATAAAAAAGCCAAATTATTCGATGATAATTGGCTTTTGAAAAACACTGAATTAATTGACCGCACTTCTGGAAACGGTTTTCTTACGACGACCGCTTTTCACTGCCGAAATTGGATCCAGCTTGACAAACTCAACGCCTAACGGCGGATTTTCCAGTGCAAGGCCTAGCACTTCGTCGATGGTCTCCACCGCATGAATCTTCAGATCACGTTTTGCATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTa > 1:547362/1‑251 (MQ=255) tAAAAAAGCCAAATTATTCGATGATAATTGGCTTTTGAAAAACACTGAATTAATTGACCGCACTTCTGGAAACGGTTTTCTTACGACGACCGCTTTTCACTGCCGAAATTGGATCCAGCTTGACAAACTCAACGCCTAACGGCGGATTTTCCAGTGCAAGGCCTAGCACTTCGTCGATGGTCTCCACCGCATGAATCTTCAGATCACGTTTTGCATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCt < 1:74004/251‑1 (MQ=255) aaaTTATTCGATGATAATTGGCTTTTGAAAAACACTGAATTAATTGACCGCACTTCTGGAAACGGTTTTCTTACGACGACCGCTTTTCACTGCCGAAATTGGATCCAGCTTGACAAACTCAACGCCTAACGGCGGATTTTCCAGTGCAAGGCCTAGCACTTCGTCGATGGTCTCCACCGCATGAATCTTCAGATCACGTTTTGCATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGaataa < 1:21561/251‑1 (MQ=255) 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cATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGcac < 1:681066/250‑1 (MQ=255) ttCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGTCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGTGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACACGGa > 1:133907/1‑251 (MQ=255) ttCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGa < 1:763743/251‑1 (MQ=255) ttCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGa > 1:224663/1‑251 (MQ=255) ccGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGAtg < 1:755748/251‑1 (MQ=255) ccGGAATATCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGAtg > 1:488920/1‑251 (MQ=255) 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atCTTCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAat > 1:278303/1‑249 (MQ=255) tCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCgg > 1:576353/1‑178 (MQ=255) tCCAAATCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAATATCACg > 1:449844/1‑251 (MQ=255) tCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAat > 1:317546/1‑239 (MQ=255) tCCTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAATATCACGttttt > 1:696693/1‑250 (MQ=255) ccTTCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGgcgc < 1:615433/216‑1 (MQ=255) tCACATTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAATATCACGTTTTTCGTgg > 1:32338/1‑251 (MQ=255) | CAATAAAAAAGCCAAATTATTCGATGATAATTGGCTTTTGAAAAACACTGAATTAATTGACCGCACTTCTGGAAACGGTTTTCTTACGACGACCGCTTTTCACTGCCGAAATTGGATCCAGCTTGACAAACTCAACGCCTAACGGCGGATTTTCCAGTGCAAGGCCTAGCACTTCGTCGATGGTCTCCACCGCATGAATCTTCAGATCACGTTTTGCATTTTCCGGAATATCTTCCAAATCCTTCACGTTATCTTTCGGAATAATCACGGTTTTAATTCCGCCACGGTGTGCCGCCAGCAACTTCTCTTTTAAACCGCCAATCGGCAACACTTTGCCGCGCAGACTGATTTCACCGGTCATCGCCACCTCTGATTTCACCGGATTGCCGGTTAAACAGGAAACCAATGCGGTGCACATTGCAATCCCTGCGCTCGGGCCATCTTTCGGTGTGGCGCCGTCCGGCACATGGATGTGAATATCACGTTTTTCGTGG > 1/1056808‑1057301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |