| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,055,588 | A→G | intergenic (+14665/+3876) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Trp‑CCA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,055,588 | 0 | A | G | 99.3% | 398.2 / NA | 140 | intergenic (+14665/+3876) | unknown/unknown | tRNA‑Trp‑CCA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (74/65); total (75/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CGCCATTGCCGCTTACCCTGAAGCCATCACTTACTTAATTGAGCAATATGATTTGGTAGAAAATGGCGGTGTACGCTTAGCCGACTTAATTACCGGTTTCGTTGATCCTAATGTGCTAACCGAATCCGAGACTGAAGAATTGGCAGAAGATTTTAATTCCGAAGAAGGTGGCGATATTGATAGTGAAAGCGAGGAGGAAGAAGATAACGAAGGGGGAAGTAGCGATGACA‑GTGATAGTGATAACAATGTTGATCCTGAAATTGCACGGGAAAAATTTACCGCACTTAAGCAGCAACATCAAAAGACCTTAGAGAGCATTGCAAAACATGGTCGTACGGCGAAAAAAGCAAAAGATGAAATTCAAGTGTTATCAGACATCTTCACTCAATTCCGCTTAGTACCAAAACAATTCGATATGCTAGTGCTATCTATACGTGGTATTATGAAACGTGTTCGCGGTCAGGAACGTTTCATTCAGCGGATTGT > 1/1055343‑1055828 | cgcCATTGCCGCTTACCCTGAAGCCATCACTTACTTAATTGAGCAATATGATTTGGTAGAAAATGGCGGTGTACGCTTAGCCGACTTAATTACCGGTTTCGTTGATCCTAATGTGCTAACCGAATCCGAGACTGAAGAATTGGCAGAAGATTTTAATTCCGAAGAAGGTGGCGATATTGATAGTGAAAGCGAGGAGGAAGAAGATAACGAAGGGGGAAGTAGCGATGACA‑GTGATAGTGATAACAgtgt < 1:820794/249‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |