| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,013,316 | G→A | intergenic (‑6860/‑21903) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Gly‑GCC/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,013,316 | 0 | G | A | 98.7% | 202.5 / ‑3.4 | 76 | intergenic (‑6860/‑21903) | unknown/unknown | tRNA‑Gly‑GCC/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (32/43); minor base . (0/1); total (32/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
CATCCGGATTCACGTCTTTACGTGGTGCTTTGCCGAAGAATTTTTCAACTTCTTGTTGAACAAGCGGCATACGGGTTTGACCGCCGACTAAAATCACATCGTCGATTTCAGACGGGGATTTGCCTGCATCTTTTAATGCAATACGTACAGGCTCAAGGGATTTCGCCACTAAATCCTCAACCAAAGACTCTAATTTTGCACGAGTCAATTTGATGTTTAAGTGTTTAGGACCGGTTGCATCCGCTGTGATGTAAGGAAGATTTACATCGGTTTGTTGGGCGGAAGAAAGCTCGATTTTGGCTTTTTCTGCCGCTTCTTTTAAACGTTGCATTGCAAGCGGGTCGTTGCGTAGGTCGATGCCCTGTTCTTTTTTGAACTCATCCACTAAGTAGTTGATGATACGGTTATCAAAGTCTTCACCACCTAAGTGTGTATCACCGTTGGTTGCTAATACTTCAAAGGTTTTTTCGCCGCCTACTTCAT > 1/1013069‑1013551 | cATCCGGATTCACGTCTTTACGTGGTGCTTTGCCGAAGAATTTTTCAACTTCTTGTTGAACAAGCGGCATACGGGTTTGACCGCCGACTAAAATCACATCGTCGATTTCAGACGGGGATTTGCCTGCATCTTTTAATGCAATACGTACAGGCTCAAGGGATTTCGCCACTAAATCCTCAACCAAAGACTCTAATTTTGCACGAGTCAATTTGATGTTTAAGTGTTTAGGACCGGTTGCATCCGCTGTAATg < 1:535095/251‑1 (MQ=255)cATCCGGATTCACGTCTTTACGTGGTGCTTTGCCGAAGAATTTTTCAACTTCTTGTTGAACAAGCGGCATACGGGTTTGACCGCCGACTAAAATCACATCGTCGATTTCAGACGGGGATTTGCCTGCATCTTTTAATGCAATACGTACAGGCTCAAGGGATTTCGCCACTAAATCCTCAACCAAAGACTCTAATTTTGCACGAGTCAATTTGATGTTTAAGTGTTTAGGACCGGTTGCATCCGCTGTAATg < 1:739293/251‑1 (MQ=255) ggATTCACGTCTTTACGTGGTGCTTTGCCGAAGAATTTTTCAACTTCTTGTTGAACAAGCGGCATACGGGTTTGACCGCCGACTAAAATCACATCGTCGATTTCAGACGGGGATTTGCCTGCATCTTTTAATGCAATACGTACAGGCTCAAGGGATTTCGCCACTAAATCCTCAACCAAAGACTCTAATTTTGCACGAGTCAATTTGATGTTTAAGTGTTTAGGACCGGTTGCATCCGCTGTAATGTAAgg > 1:424162/1‑251 (MQ=255) ttCACGTCTTTACGTGGTGCTTTGCCGAAGAATTTTTCAACTTCTTGTTGAACAAGCGGCATACGGGTTTGACCGCCGACTAAAATCACATCGTCGATTTCAGACGGGGATTTGCCTGCATCTTTTAATGCAATACGTACAGGCTCAAGGGATTTCGCCACTAAATCCTCAACCAAAGACTCTAATTTTGCACGAGTCAATTTGATGTTTAAGTGTTTAGGACCGGTTGCATCCGCTGTAATGTAAGGAAg < 1:181041/251‑1 (MQ=255) 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CATCCGGATTCACGTCTTTACGTGGTGCTTTGCCGAAGAATTTTTCAACTTCTTGTTGAACAAGCGGCATACGGGTTTGACCGCCGACTAAAATCACATCGTCGATTTCAGACGGGGATTTGCCTGCATCTTTTAATGCAATACGTACAGGCTCAAGGGATTTCGCCACTAAATCCTCAACCAAAGACTCTAATTTTGCACGAGTCAATTTGATGTTTAAGTGTTTAGGACCGGTTGCATCCGCTGTGATGTAAGGAAGATTTACATCGGTTTGTTGGGCGGAAGAAAGCTCGATTTTGGCTTTTTCTGCCGCTTCTTTTAAACGTTGCATTGCAAGCGGGTCGTTGCGTAGGTCGATGCCCTGTTCTTTTTTGAACTCATCCACTAAGTAGTTGATGATACGGTTATCAAAGTCTTCACCACCTAAGTGTGTATCACCGTTGGTTGCTAATACTTCAAAGGTTTTTTCGCCGCCTACTTCAT > 1/1013069‑1013551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |