| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 958,335 | C→T | intergenic (+7761/+47830) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Leu‑CAG/tRNA‑Lys‑TTT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 958,335 | 0 | C | T | 99.0% | 273.0 / NA | 97 | intergenic (+7761/+47830) | unknown/unknown | tRNA‑Leu‑CAG/tRNA‑Lys‑TTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (41/55); minor base G (0/1); total (41/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGATTCCAGCGTGCCGGCAACGGCTGCTTTCGTTATCTTCATAGGTTTTTCCTTCTATTGGGTGATAATTAAAAAACGTTTTTAAAAACGACCGCACTTTTGCAAATAATTTAACGTGCTGCTTGGTACAAATTCCGCCAATGCCGTCCAATGCTTTTCGGCTAATAATTTTCTGACGACGGAGGCGGAAATGGCTTGCCCGTTGATGGTTTTACGCGGGATTTCGATGACGTCGATTTTCGGCGCGTCCATTTCGGCTTCCATCAGCCAGTAGAACATTTGGCGGTTGTATTCCGCGGTGACCGCGCAAGTCGGTTCCGTCCCCACAAAGCGGCGGTTAATGCCCAATGCGGGCGCGATATAACGGC‑GGAATAATTTCAAATCTACGGCAAAATAGCTGTCGTCGGTAATTTTTTGGTCTTTTAGGAAATAATCGGGAAAGGTGGCTCGGGAAATAATGTAGTCGGAGCCAGAATGAAGGGTGATATTG > 1/958090‑958581 | cTGGATTCCAGCGTGCCGGCAACGGCTGCTTTCGTTATCTTCATAGGTTTTTCCTTCTATTGGGTGATAATTAAAAAACGTTTTTAAAAACGACCGCACTTTTGCAAATAATTTAACGTGCTGCTTGGTACAAATTCCGCCAATGCCGTCCAATGCTTTTCGGCTAATAATTTTCTGACGACGGAGGCGGAAATGGCTTGCCCGTTGATGGTTTTACGCGGGATTTCGATGACGTCGATTTTCGGTGCGt > 1:885895/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |