| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 882,984 | A→C | intergenic (‑33327/‑39234) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 882,984 | 0 | A | C | 98.8% | 229.0 / NA | 85 | intergenic (‑33327/‑39234) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (30/54); minor base T (1/0); total (31/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AATTTATGCCACAACTCGGTGTCTTTTATATCGTGCTGTCTTATTTCGTTATCGTCGGCTCCAGTAACGCGGTGAATTTCACCGACGGCTTGGACGGCTTGGCAATTATGCCGACGGTGCTTGTTGCCGGTGCATTTGCCTTGGTGGCATGGGCGACGGGGAACATTAATTTCGCCGAATATTTACACATTCCGTATATTAAATTCAGTGCGGAATTAGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCAGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTGCGTCAGGAATTTTTATTATTAATTATGGGCGGCGTGTTTGTCATGGAAACCCTGTCCGTCATTTTACAAGTGGGCTCCTACAAACTGCGTAATAAACAACGTATTTTCCTGATGGCGCCGATTCATCACCATTTCG > 1/882737‑883225 | aaTTTATGCCACAACTCGGTGTCTTTTATATCGTGCTGTCTTATTTCGTTATCGTCGGCTCCAGTAACGCGGTGAATTTCACCGACGGCTTGGACGGCTTGGCAATTATGCCGACGGTGCTTGTTGCCGGTGCATTTGCCTTGGTGGCATGGGCGACGGGGAACATTAATTTCGCCGAATATTTACACATTCCGTATATTAAATTCAGTGCGGAATTAGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGt > 1:666864/1‑251 (MQ=255) 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1:236682/1‑226 (MQ=255) tatTTACACATTCCGTATATTAAATTCAGTGCGGAATTAGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTGCGTCAGGAATTTTTATTATTAATTATGGGCGGCGTGTTTGTCATGGAAACCCTGTCCGTCATTTTACAAGTGGGc < 1:669054/249‑1 (MQ=255) tatTTACACATTCCGTATATTAAATTCAGTGCGGAATTAGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTGCGTCAGGAATTTTTATTATTAATTATGGGCGGCGTGTTTGTCATGGAAACCCTGTCCGTCATTTTACAAGTGGGCt > 1:99960/1‑250 (MQ=255) tatTTACACATTCCGTATATTAAATTCAGTGCGGAATTAGTGGTGCTCTATCCCGCCATTGTGGGTGCTGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGCTTATGGGCGATGTAGCCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGAGATTGCCGTGTTAGTGAGTCAGGAAttatta > 1:164768/1‑189 (MQ=255) tttACACATTCCGTATATTAAATTCAGTGCGGAATTAGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTg < 1:603616/172‑1 (MQ=255) 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1:884770/1‑248 (MQ=255) aaTTAGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTGCGTCAGGAATTTTTATTATTAATTATGGGCGGCGTGTTTGTCATGGAAACCCTGTCCGTCATTTTACAAGTGGGCTCCTACAAACTGCGTAATAAACAACGTATTTTCCTg < 1:568977/251‑1 (MQ=255) aGTGGTGTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTggg < 1:17661/117‑1 (MQ=255) gtggtgTTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTGCGTCAGGAATTTTTATTATTAATTATGGGCGGCGTGTTTGTCATGGAAACCCTGTCCGTCATTTTACAAGTGGGCTCCTACAAACTGCGTAATAaac < 1:567213/232‑1 (MQ=255) gtTCTGTACCGCCATTGTGGGTGCCGGTTTGGGTTTTCTTTGGTTCAATACTTATCCTGCGCAGGTGTTTATGGGCGATGTAGGCTCATTAGCATTAGGCGGTGCGCTGGGCGTGATTGCCGTGTTAGTGCGTCAGGAATTTTTATTATTAATTATGGGCGGCGTGTTTGTCATGGAAACCCTGTCCGTCAt > 1:690201/1‑192 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |