| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 861,970 | T→C | intergenic (‑12313/‑60248) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 861,970 | 0 | T | C | 97.0% | 84.7 / NA | 33 | intergenic (‑12313/‑60248) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (16/16); total (16/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACTTAAATATGTGTGGATTTAGAGATGTCGCGATTTATTTC‑TTTTTCCTTGTAGGAAAGTTGTATTTTTTACGCTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTGTTTTTCT‑AAAAAGTATATTTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCGTCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCTACTTTTTTGTTCACTTTTGAGGCAGGGTTTTGAACAAACAATTTAACCGAACTTTCACTCTTGAATCGCAAGATAGCAAGCGTTTACGTTTTTTATGCGGAGCGGGGGATAAACACCTTTTCTTTAATTAAAAAACATTTTAGTTTTTCTGTTACCCGTCGTGGTTTTATCTTTACTGTGCAATTGCAGGGTGAAAATCATCCTGTATACTGCTGTAAAC > 1/861782‑862190 | caCTTAAATATGTGTGGATTTAGAGATATCGCGATTTATTTCTTTTTTCTTTGTAGGAAAGTCGTATTTTTTACGCTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACtt < 1:578954/243‑1 (MQ=255) cTTAAATATGTGTGGATTTAGAGATATCGCGATTTATTTCTTTTTTCTTTGTAGGAAAGTCGTATTTTTTACGCTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTg > 1:563103/1‑251 (MQ=255) tgtgtgGATTTAGAGATATCGCGATTTATTTCTTTTTTCTTTGTAGGAAAGTCGTATTTTTTACGCTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGaacaagca < 1:813579/220‑4 (MQ=255) tttAGAGATATCGCGATTTATTTCTTTTTTCTTTGTAGGAAAGTCGTATTTTTTACGCTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGaa < 1:702739/206‑1 (MQ=255) cTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACa > 1:48135/1‑251 (MQ=255) ttttttAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACAt < 1:552195/251‑1 (MQ=255) tttttAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTTTTTTTCTAAAAAAGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGaacc < 1:207156/180‑3 (MQ=255) aaaaaGTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGaac < 1:725840/110‑1 (MQ=255) gTATA‑TTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTAc > 1:488328/1‑245 (MQ=255) tatatttATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCa < 1:407675/246‑1 (MQ=255) atttATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCcgctgtgggt > 1:408661/2‑223 (MQ=255) atttATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTAccg > 1:194500/2‑241 (MQ=255) atttATGGAAGAGCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTAccg > 1:787465/2‑241 (MQ=255) gagCAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGaaa > 1:277556/1‑251 (MQ=255) cAATTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAatc < 1:245994/251‑1 (MQ=255) aTTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACAttttgatctttctg < 1:720724/201‑11 (MQ=255) aTTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAatcat > 1:706664/1‑251 (MQ=255) aTTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAatcat > 1:592584/1‑251 (MQ=255) aTTTTATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGACGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCcgctgtgggtttacc > 1:644614/1‑208 (MQ=255) tttATTGCATCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATcc < 1:277698/251‑1 (MQ=255) tgcatCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATCCTatat < 1:384226/247‑1 (MQ=255) catCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCActc < 1:643493/100‑1 (MQ=255) catCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAaca < 1:333472/155‑1 (MQ=255) atCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTGAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATCCtatatat > 1:437414/2‑249 (MQ=255) atCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCTGGGTGAAAATCATCCtatatatt > 1:299003/2‑249 (MQ=255) agtgtctTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGa < 1:129475/142‑1 (MQ=255) aatctcTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCTACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGGGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTAc < 1:320234/210‑1 (MQ=255) aGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAGCCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAac > 1:463876/1‑151 (MQ=255) aGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTAc < 1:408369/124‑1 (MQ=255) aGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATCCtatatattg > 1:489939/1‑245 (MQ=255) aGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATCCtatatattg > 1:83881/1‑245 (MQ=255) ctctTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATCCTATATAttgctggaa < 1:896675/251‑4 (MQ=255) ctTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCCACTTTTTTGCTCACTTTTGAGGCAAGGTTTTGAACAAGCAATTTAGCCAAACTTTCACTCTTGAACCGCTAGATAACAAGCGTTTACGTTCTTTATGCGGGGCGGGGGATAAACACC‑TTTCTTTAATTAAAAAACATTTTGATCTTTCTGTTGCCCGCTGTGGGTTTACCTTTACCGTGCAACTGCGGGGTGAAAATCATCCTATATAttgctggaacg > 1:396304/1‑246 (MQ=255) | TACTTAAATATGTGTGGATTTAGAGATGTCGCGATTTATTTC‑TTTTTCCTTGTAGGAAAGTTGTATTTTTTACGCTTTTTTAACTTAACTAAATCAAATTTTGTTGTTTTTCT‑AAAAAGTATATTTTATGGAAGAGCAATTTTATTGCGTCTAGTCTCTTTCGATGCAAATTGTGCTATATTGTCTGCTACTTTTTTGTTCACTTTTGAGGCAGGGTTTTGAACAAACAATTTAACCGAACTTTCACTCTTGAATCGCAAGATAGCAAGCGTTTACGTTTTTTATGCGGAGCGGGGGATAAACACCTTTTCTTTAATTAAAAAACATTTTAGTTTTTCTGTTACCCGTCGTGGTTTTATCTTTACTGTGCAATTGCAGGGTGAAAATCATCCTGTATACTGCTGTAAAC > 1/861782‑862190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |