Predicted mutation
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RA	1	859,829	T→C	intergenic (‑10172/‑62389)	unknown ← / → unknown	tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	859,829	0	T	C	100.0%	66.4 / NA	24	intergenic (‑10172/‑62389)	unknown/unknown	tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (8/16);  total (8/16)

TGAATCAACTTCTTGAGTATTATTTTCGGCAGGTAATATAACTAACTTTGATTCTCTATCCAGTGAATAGAATTTTTTTGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAGTGCTACATAACCAGCATATTCTTGATTGTTTGGAATCCCG‑TCTGCTGCCTTTTCAGCTTCAGGAGCACCTTGTTCTGTTGATTGAGTAAAGTTTCTTGCTTGTAAAACCAATACTTTACCTAAAATTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTGTTGCGCGAATCTGAAGCAATTTGTTGGCTATAGATAGCAACATAGTCTCCACTTAAAATAGTATTTA  >  1/859676‑859998                                                                                                                                                           |                                                                                                                                                                          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                                               tcgATTCTCTATCCAGTGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCtataaacagatacatag                        <  1:773401/249‑14 (MQ=255)                                                tcgATTCTCTATCCAGTGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCtataaacagatacatag                        <  1:894938/249‑14 (MQ=255) 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                                                    tctcTATCCAGTGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGcggtttgct                                            <  1:445055/226‑9 (MQ=255)                                                      ctctATCCAGTGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCTATAAACAGATACATAGTCTccg                  >  1:885580/1‑250 (MQ=255)                                                      ctctATCCAGTGAATAGAATTTTTTAGCTCGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAgt                                                                      <  1:454210/199‑1 (MQ=255)                                                          aTCCAGTGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCtataaacagatacatag                        >  1:459579/1‑228 (MQ=255)                                                                tGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGATCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCTATAAACAGATACATAGTCTCCGCTTAAAAt          <  1:454188/249‑1 (MQ=255)                                                                tGAATAGAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGATCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCTATAAACAGATACATAGTCTCCGCTTAAAAt          <  1:448427/249‑1 (MQ=255)                                                                 gAATAGAATTTTTTAGCTTTTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTgcggg                                                              <  1:63357/196‑3 (MQ=255)                                                                      gAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCtataaacagatacatagtc                      <  1:279359/231‑16 (MQ=255)                                                                      gAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCTATAAACAGATACATAGTCTCCGCTTAAAATAGTATTTa  >  1:543537/1‑251 (MQ=255)                                                                      gAATTTTTTAGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAATGCTACATAACCGGCATATACTTCACTATTTGG‑AGCCAGACCTAACGCTTTCTCAGTTTCA‑GTG‑‑CCTTGTTCTGCTACTTGAGCAAAATTCCGTGCTTGTAGAACCACTGCCTTACCTAAAACTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTATTGCGGGAATCTGAAGCGGTTTGCTGGCTATAAACAGATACATAGTCTCCGCTTAAAATAGTATTTa  >  1:2960/1‑251 (MQ=255)                                                                                                                                                           |                                                                                                                                                                          TGAATCAACTTCTTGAGTATTATTTTCGGCAGGTAATATAACTAACTTTGATTCTCTATCCAGTGAATAGAATTTTTTTGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAGTGCTACATAACCAGCATATTCTTGATTGTTTGGAATCCCG‑TCTGCTGCCTTTTCAGCTTCAGGAGCACCTTGTTCTGTTGATTGAGTAAAGTTTCTTGCTTGTAAAACCAATACTTTACCTAAAATTTTAACTAAATCTTTACGATCATAAGTGTTGCGCGAATCTGAAGCAATTTGTTGGCTATAGATAGCAACATAGTCTCCACTTAAAATAGTATTTA  >  1/859676‑859998

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑