| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 859,579 | C→T | intergenic (‑9922/‑62639) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 859,579 | 0 | C | T | 99.1% | 312.5 / NA | 111 | intergenic (‑9922/‑62639) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (55/55); total (56/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AATCAACATTAACAGTATCGGATGTTAAGGGACGACCATCTGCTCCGAAAGCAGTAACTTCTGTTCTACCTTCCTCCTTTGCGTAGATAATAAAGGTGTTGTCGTCTAAAATTTCATAGTCGGCAATATTTGGTGAAGAGACGAAAATAGTGTCGATCTTTTCTTTTGTTTGAACCAACTGGGTTGCACCTTTATCCAGAGAGAAATTTTGTGCGTACGCATTTAATGAGAACATTGCCCCGAGAACTGCACAGCATATTAATTGTTTTTTGCCAAAAGTATGATTCCAATTTTGCATCTTATTGACCTCTTAATTTTCTGATGAATACACCGCGTGAATCAACTTCTTGAGTATTATTTTCGGCAGGTAATATAACTAACTTTGATTCTCTATCCAGTGAATAGAATTTTTTTGCTTGTTCAGCAGTTATTTTTAGTGCTACATAACCAGCATATTCTTGATTGTTTGGAAT > 1/859341‑859813 | aaTCAACATTAACGGTATCAGACGTCAAAGGCCGACCATCTGCTCCGAAAGCAGTAACTTCTGTTCTACCTTCCTCCTTTGCGTAGATAATAAAGGTGTTGTCGTCTAAAATTTCATAGTCGGCAATATTTGGTGAAGAGACGAAAATAGTGTCGATCTTTTCTTTTGTTTGAACCAACTGGGTTGCACCTTTATCCAGAGAGAAATTTTGTGCGTACGCATTTAATGAGAACATTGCTCCGAGAACTGc < 1:551242/250‑1 (MQ=255) aTCAACATTAACGGTATCAGACGTCAAAGGCCGACCATCTGCTCCGAAAGCAGTAACTTCTGTTCTACCTTCCTCCTTTGCGTAGATAATAAAGGTGTTGTCGTCTAAAATTTCATAGTCGGCAATATTTGGTGAAGAGACGAAAATAGTGTCGATCTTTTCTTTTGTTTGAACCAACTGGGTTGCACCTTTATCCAGAGAGAAATTTTGTGCGTACGCATTTAATGAGAACATTGCTCCGAGAACTGcac < 1:12346/251‑1 (MQ=255) aCATTAACGGTATCAGACGTCAAAGGCCGACCATCTGCTCCGAAAGCAGTAACTTCTGTTCTACCTTCCTCCTTTGCGTAGATAATAAAGGTGTTGTCGTCTAAAATTTCATAGTCGGCAATATTTGGTGAAGAGACGAAAATAGTGTCGATCTTTTCTTTTGTTTGAACCAACTGGGTTGCACCTTTATCCAGAGAGAAATTTTGTGCGTACGCATTTAATGAGAACATTGCTCCGAGAACTGCACAGCa > 1:300522/1‑251 (MQ=255) cgtcaaaggccgacCATCTGCTCCGAAAGCAGTAACTTCTGTTCTACCTTCCTCCTTTGCGTAGATAATAAAGGTGTTGTCGTCTAAAATTTCATAGTCGGCAATATTTGGTGAAGAGACGAAAATAGTGTCGATCTTTTCTTTTGTTTGAACCAACTGGGTTGCACCTTTATCCAGAGAGAAATTTTGTGCGTACGCATTTAATGAGAACATTGCTCCGAGAAc > 1:832454/11‑225 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |