| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 858,997 | G→A | intergenic (‑9340/‑63221) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 858,997 | 0 | G | A | 98.8% | 231.0 / ‑3.9 | 86 | intergenic (‑9340/‑63221) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (44/41); minor base T (1/0); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
ACCATCTCTATCCCGCTGTGCAAATGGGATTTCTCCCCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCGGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACTTTACCATTACTTTGGTTATCTAAAGCATTAATAAAGGCAGAAATACCTTTCGCATCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGGCTCCAGTTAATGCCCATTGCCTCAGAAAGTTTTTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTATCGGCAATATTTGCGTTATCAACGACACCATCGTAATGATATTTGTCTAAGAATGGTAAAGAGTCTTCTCCTAATTTTGTTTCAGTAACCTTTCTACCACTTCCTAAAGCTTCTCCTACAATTCTGCGAACCTCATCGCTTTCTTCTTGAGAACGGGCTTTTCCCT > 1/858760‑859241 | aCCATCTTTATCTCGTTGTGCAAATGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAAtac < 1:195924/251‑3 (MQ=255) aTCTTTATCTCGTTGTGCAAATGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCa > 1:403054/1‑251 (MQ=255) atctcgttgtgCAAATGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCAtcgc > 1:502991/8‑246 (MQ=255) gttgtgCAAATGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGaa > 1:501298/3‑251 (MQ=255) gtgCAAATGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGtt > 1:644635/1‑229 (MQ=255) gtgCAAATGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAAtac > 1:474023/1‑232 (MQ=255) aaTGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGtttctt > 1:838673/1‑248 (MQ=255) tGGGATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTcttat < 1:687412/251‑1 (MQ=255) ggATTTCACCTCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTcttattt > 1:415451/1‑251 (MQ=255) tttcacctcccACTAAGATATCGGCAGTTTCACCTGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTAc > 1:558930/9‑250 (MQ=255) 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acctgATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTggg < 1:247724/247‑1 (MQ=255) cctgATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGt < 1:625692/248‑1 (MQ=255) tgATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGaa < 1:305355/201‑1 (MQ=255) gATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATAccc > 1:739841/1‑189 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaaTGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGTTAATCTAAGGCATTAATAAACGCAAAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACCCCTTAATTTCCATTGAATCCCCCTCCAAAACCGAAGTTACCTCCGACT‑ATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAat < 1:870228/249‑1 (MQ=255) aTGTTCGGTTCGGCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTg < 1:60720/238‑1 (MQ=255) ggCCAGAACCTTACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCaa > 1:612325/1‑251 (MQ=255) 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1:246843/1‑251 (MQ=255) tACCATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCg > 1:24880/1‑251 (MQ=255) ccATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAAtacc > 1:287374/1‑149 (MQ=255) ccATTACTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAg > 1:836957/1‑190 (MQ=255) cTTTGGTTATCTAAGGCATTAATAAACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATggta < 1:751663/251‑4 (MQ=255) 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ataaACGCAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATGGTATTTGTCTAAGAACGGCAAagc < 1:142977/251‑2 (MQ=255) cAGAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAacac > 1:897524/1‑210 (MQ=255) gAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACAt < 1:690558/166‑1 (MQ=255) gAAATACCTTTTGCGTCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATGGTATTTGTCTAAGAACGGCAAagcatcttccc > 1:628113/1‑241 (MQ=255) 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gATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATGGTATTTGTCTAAGAACGGCAAAGCATCTTCCCCTAACTTTGTTTCAGTAACCTTTCGAccgtttc > 1:808615/1‑244 (MQ=255) tttCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATGGTATTTGTCTAAGAACGGCAAAGCATCTTCCCCTAACTTTGTTTCAGTAACCTTTCGACCGTTTCCTaa < 1:430707/251‑1 (MQ=255) ccATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATGGTATTTGTCTAAGAACGGCAAAGCATCTTCCCCTAACTTTGTTTCAGTAACCTTTCGACCGTTTCCTAAAGc < 1:225218/251‑1 (MQ=255) aTTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTcttat > 1:737440/1‑98 (MQ=255) 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(MQ=255) aCGTGACTCCAGTTAATACCCATCGCCTCAGAAAGTTTCTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTGTCTGCAATATTTGCGTTATCAACAACACCATCGTAATGGTATTTGTCTAAGAACGGCAAAGCATCTTCCCCTAACTTTGTTTCAGTAACCTTTCGACCGTTTCCTAAAGCTTCTCCTACAATTCTACGAACTTCATCGCTTTCTTCTTGTGAACGAGCtttacctt > 1:766454/1‑245 (MQ=255) | ACCATCTCTATCCCGCTGTGCAAATGGGATTTCTCCCCCCACTAAGATATCGGCAGTTTCACCGGATAACATAGAAATGTTCGGTTCGGCCAGAACTTTACCATTACTTTGGTTATCTAAAGCATTAATAAAGGCAGAAATACCTTTCGCATCTAAACGTAATACACCTTGATTTCCATTGAATCCACCTCCGAAACCGAAGTTACCTCCGACTAATGGACCACTACCGGCAACGTGGCTCCAGTTAATGCCCATTGCCTCAGAAAGTTTTTTATTTACCTCTACAACAGAAAGCTTCACATTAATTTGGGTTGTATCGGCAATATTTGCGTTATCAACGACACCATCGTAATGATATTTGTCTAAGAATGGTAAAGAGTCTTCTCCTAATTTTGTTTCAGTAACCTTTCTACCACTTCCTAAAGCTTCTCCTACAATTCTGCGAACCTCATCGCTTTCTTCTTGAGAACGGGCTTTTCCCT > 1/858760‑859241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |