| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 131,236 | C→A | intergenic (‑27/‑1783) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ala‑GGC/tRNA‑Val‑TAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 131,236 | 0 | C | A | 98.2% | 148.7 / NA | 54 | intergenic (‑27/‑1783) | unknown/unknown | tRNA‑Ala‑GGC/tRNA‑Val‑TAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (32/21); total (33/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGTGATTGTCTAGCGTGGAGCGCATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGCCCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATGCCGACCTCTAATTCGGCGGCGGTTTGTTCAATGGCTTCATGAG > 1/130990‑131481 | aaGTGATTGTCTAGCGTGGAGCGCATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGaccc < 1:853620/250‑1 (MQ=255) gTGATTGTCTAGCGTGGAGCGCATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCttt > 1:675165/1‑251 (MQ=255) aTTGTCTAGCGTGGAGCGCATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTtgtc < 1:782025/251‑1 (MQ=255) gTCTAGCGTGGAGCGCATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTtgt > 1:203347/1‑247 (MQ=255) 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cATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAAtttt > 1:478340/1‑250 (MQ=255) cATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAAtttt > 1:575607/1‑250 (MQ=255) ttAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTttcaa > 1:609536/1‑251 (MQ=255) 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tGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGCCCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGa > 1:423257/1‑214 (MQ=255) tGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAAt > 1:13070/1‑251 (MQ=255) cTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGt > 1:298671/1‑226 (MQ=255) 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ttttGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATc < 1:462419/251‑1 (MQ=255) aaTTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTg < 1:367864/250‑1 (MQ=255) agaTAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGt > 1:758763/1‑251 (MQ=255) 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1:658803/162‑1 (MQ=255) ctTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCaaa > 1:80422/1‑251 (MQ=255) aaTGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGc < 1:329620/250‑1 (MQ=255) ctcCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTg < 1:354261/139‑1 (MQ=255) cAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGccc > 1:510458/1‑244 (MQ=255) gCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATg < 1:212803/132‑1 (MQ=255) atatCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATGCCGACCTCTAAtt > 1:482921/1‑250 (MQ=255) atatCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATGCCGACCTCTAATTc < 1:798861/251‑1 (MQ=255) ccccGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGc < 1:216422/202‑1 (MQ=255) cccGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACtt < 1:872103/224‑1 (MQ=255) cccGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATg > 1:895950/1‑232 (MQ=255) cccGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATGCCGACCTCTAATTcggcgg > 1:19249/1‑251 (MQ=255) 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1:356632/197‑1 (MQ=255) ttCCGACCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATGCCGACCTCTAATTCGGCGGCGGTTTGTTCAATGGCTTCATGAg < 1:771785/251‑1 (MQ=255) | AAGTGATTGTCTAGCGTGGAGCGCATTAGAACACACCCGGGAAATGAAAACAATCTATTTTATTGAATTTACATGCTTGTCTAATCAGCTTTCGGTTAAAACGAAAAAAATCCTATCAATTTTTATTGATAGGATTTTGGAATTTGGTGGAGATAATCGGGATCGAACCGACGACCTCTTGAATGCCATTCAAGCGCTCTCCCAACTGAGCTATATCCCCGTAGGTGGCGGCTATAATAGATTCCGCCCCTTTGTCTGTCAATATTAAATTTTCAATTCAATGTTATCAGATTAAATATTAAGCGTTTTGCGCTTTAATAAAATCAATGGCACGTTGAATGCGGTTTAATACGCGTTCGCGTCCGATGCCGACCAGGGTGACATCCATTGACGGCGATTGTCCCGCACCGGTAACGGCAACACGCAAAGGCATCCCCACTTTGCCCATGCCGACCTCTAATTCGGCGGCGGTTTGTTCAATGGCTTCATGAG > 1/130990‑131481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |