| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 130,610 | C→T | intergenic (–/+524) | – / ← unknown | –/tRNA‑Ala‑GGC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 130,610 | 0 | C | T | 99.0% | 255.1 / NA | 96 | intergenic (–/+524) | –/unknown | –/tRNA‑Ala‑GGC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (43/52); minor base G (1/0); total (44/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGATACCTTCAATGGTGCCTTGGCGGTTGCGTTACTGGAAGGAAAAACATTGACGAATGCCATTCGCTTCGCCCACGCAGCGGCGGCAATCAGCGTCACCCGCGAAGGTGCGCAGCCCTCAATTCCGAGCCGTGCGGAAGCCTTGGATTTTCTTGAAAAGCAGGGATAAAAGTGCGGTGATTTTTTACAGCGTTTTTAGATGTAGAAAATCGAAGGATAAAAAACGAACCCTTTAAACAAAGGGCTCACTTTATTGGGAATGGGGATTAAACCACTTCAACTTCAATTGCTGTCGGTCCGCGTTGGGAATTCTGTACGTTATACGCCACATGGTCGCCTTCGTTTAAAGTACGGAAATTGTTACCGACGATGCCGGAGAAATGTACGAATACATCTTTTGAACCATCCGTGGGAGCGATAAAACCAAAGCCTTTTATGGAGTTAAACCATTTTACGGTGCCGTTTAATTTAGACATGTTGTCTTC > 1/130364‑130850 | ggCGATACCTTCAATGGTGCCTTGGCGGTTGCGTTACTGGAAGGAAAAACATTGACGAATGCCATTCGCTTCGCCCACGCAGCGGCGGCAATCAGCGTCACCCGCGAAGGTGCGCAGCCCTCAATTCCGAGCCGTGCGGAAGCCTTGGATTTTCTTGAAAAGCAGGGATAAAAGTGCGGTGATTTTTTACAGCGTTTTTAGATGTAGAAAATCGAAGGATAAAAAACGAACCCTTTAAACAAAGGGTTCa > 1:150098/1‑250 (MQ=255) gCGATACCTTCAATGGTGCCTTGGCGGTTGCGTTACTGGAAGGAAAAACATTGACGAATGCCATTCGCTTCGCCCACGCAGCGGCGGCAATCAGCGTCACCCGCGAAGGTGCGCAGCCCTCAATTCCGAGCCGTGCGGAAGCCTTGGATTTTCTTGAAAAGCAGGGATAAAAGTGCGGTGATTTTTTACAGCGTTTTTAGATGTAGAAAATCGAAGGATAAAAAACGAACCCTTTAAACAAAGGGTTCAc < 1:349771/250‑1 (MQ=255) ccTTCAATGGTGCCTTGGCGGTTGCGTTACTGGAAGGAAAAACATTGACGAATGCCATTCGCTTCGCCCACGCAGCGGCGGCAATCAGCGTCACCCGCGAAGGGGCGCAGCCCTCAATTCCGAGCCGGGCGGAAGCCCTGGATTTTCTTGAAAAGCAGGGATAAAAGTGCGGGGATTTTTTACAGCGTTTTTAGATGTAGAAAATCGAAGGATAAAAAACGAACCCTTTAAACAAAGGGGTCACTTTATTg > 1:770651/1‑251 (MQ=255) cTTCAATGGTGCCTTGGCGGTTGCGTTACTGGAAGGAAAAACATTGACGAATGCCATTCGCTTCGCCCACGCAGCGGCGGCAATCAGCGTCACCCGCGAAGGTGCGCAGCCCTCAATTCCGAGCCGTGCGGAAGCCTTGGATTTTCTTGAAAAGCAGGGATAAAAGTGCGGTGATTTTTTACAGCGTTTTTAGATGTAGAAAATCGAAGGATAAAAAACGAACCCTTTAAACAAAGGGTTCACTTTATTgg > 1:375428/1‑251 (MQ=255) 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GGCGATACCTTCAATGGTGCCTTGGCGGTTGCGTTACTGGAAGGAAAAACATTGACGAATGCCATTCGCTTCGCCCACGCAGCGGCGGCAATCAGCGTCACCCGCGAAGGTGCGCAGCCCTCAATTCCGAGCCGTGCGGAAGCCTTGGATTTTCTTGAAAAGCAGGGATAAAAGTGCGGTGATTTTTTACAGCGTTTTTAGATGTAGAAAATCGAAGGATAAAAAACGAACCCTTTAAACAAAGGGCTCACTTTATTGGGAATGGGGATTAAACCACTTCAACTTCAATTGCTGTCGGTCCGCGTTGGGAATTCTGTACGTTATACGCCACATGGTCGCCTTCGTTTAAAGTACGGAAATTGTTACCGACGATGCCGGAGAAATGTACGAATACATCTTTTGAACCATCCGTGGGAGCGATAAAACCAAAGCCTTTTATGGAGTTAAACCATTTTACGGTGCCGTTTAATTTAGACATGTTGTCTTC > 1/130364‑130850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |