| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 852,429 | A→G | intergenic (‑2772/‑69789) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 852,429 | 0 | A | G | 97.9% | 126.2 / NA | 47 | intergenic (‑2772/‑69789) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (38/8); minor base T (0/1); total (38/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAATTGCCTGATTATTTATTTGACCTGCCGGGATATTGGAATTTAGATCTATTAAATTCCTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAATAAACCGCCAACACTATCCTTAGGTAAAAATGGCAGTGAAACCAGAAACTCATAATTGTAGGTCAATGAATATACAGCCAATGTTGCTAACCGACCA‑TTGGGGGGTATAATCTTACCGTCTCTATCTTTAGTAGGCCGTCTAAACCTACCATCCAATAAAGACTTAACACAAGAACTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATCTTGTAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCGAGATAACCTAAAGTTGAAGATTCTTGATAAACAAGCTGTTGTTTTAGAGCTTTCTCAAATTCTACCGCATAATCATTACCCTCTGCAGTTCTATTTTTAGCAATTCTTGCACTTTCAGTG > 1/852220‑852666 | tcatgaattaattattTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCA‑TTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAAc > 1:768933/11‑231 (MQ=255) tgtttGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCA‑TTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCttttgt > 1:502462/3‑199 (MQ=255) 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1:606470/1‑251 (MQ=255) gTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATTTCATAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCAAGATAGCCTATAGTTGAGGTTTCTTGATAAATAAGTTGTTGTTTTAGAGCTTTTTCAAATTCTGCAGCATAATCGTTACCTTCCGCCGTTCTGTTTTTAGCGATCCTTGCACtt > 1:482367/1‑251 (MQ=255) gTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATTTCATAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCAAGATAGCCTATAGTTGAGGTTTCTTGATAAATAAGTTGTTGTTTTAGAGCTTTTTCAAATTCTGCAGCATAATCGTTACCTTCCGCCGTTCTGTTTTTAGCGATCCTTGCACtt > 1:303701/1‑251 (MQ=255) gTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATTTCATAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCAAGATAGCCTATAGTTGAGGTTTCTTGATAAATAAGTTGTTGTTTTAGAGCTTTTTCAAATTCTGCAGCATAATCGTTACCTTCCGCCGTTCTGTTTTTAGCGATCCTTGCACtt > 1:332321/1‑251 (MQ=255) taATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATc > 1:425287/1‑100 (MQ=255) 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tattACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAAAAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATTTCATAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCAAGATAGCCTATAGTTGAGGTTTCTTGATAAATAAGTTGTTGTTTTAGAGCTTTTTCAAATTCTGCAGCATAATCGTTACCTTCCGCCGTTCTGTTTTTAGCGATCCTTGCACTTTCAGtt < 1:560789/249‑2 (MQ=255) | AAATTGCCTGATTATTTATTTGACCTGCCGGGATATTGGAATTTAGATCTATTAAATTCCTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAATAAACCGCCAACACTATCCTTAGGTAAAAATGGCAGTGAAACCAGAAACTCATAATTGTAGGTCAATGAATATACAGCCAATGTTGCTAACCGACCA‑TTGGGGGGTATAATCTTACCGTCTCTATCTTTAGTAGGCCGTCTAAACCTACCATCCAATAAAGACTTAACACAAGAACTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATCTTGTAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCGAGATAACCTAAAGTTGAAGATTCTTGATAAACAAGCTGTTGTTTTAGAGCTTTCTCAAATTCTACCGCATAATCATTACCCTCTGCAGTTCTATTTTTAGCAATTCTTGCACTTTCAGTG > 1/852220‑852666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |