| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 825,664 | T→C | intergenic (‑4987/+23917) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Thr‑TGT/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 825,664 | 0 | T | C | 99.2% | 327.4 / NA | 119 | intergenic (‑4987/+23917) | unknown/unknown | tRNA‑Thr‑TGT/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (62/56); minor base A (0/1); total (62/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTACTTTTTCGCGCAAGCCGTTTTCCATGCCGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGTCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGTCTGATCCGCTGTAGCAGTGAGCGCCATGATCGGCACGTTCGGAAAGCTGCCTTTTAAGCCGCCGAGTTGGGTATATTCGGGACGGAAATCGTGTCCCCATTGGGAAATGCAGTGCGCTTCATCAATGGCGATAAAACTCACTTGGCATAAAGAAATAAATTGGAAAAAGCTGCTGGTCATGACTTTTTCCGGCGATAAATACAATAATTTTAAT > 1/825420‑825910 | gTACTTTTTCGCGCAAGCCGTTTTCCATGCCGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGgaga > 1:264417/1‑251 (MQ=255) gcgcAAGCCGTTTTCCATGCCGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGa > 1:392799/1‑251 (MQ=255) gCCGTTTTCCATGCCGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCtt > 1:647471/1‑251 (MQ=255) gCCGTTTTCCATGCCGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTACACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCtt > 1:52617/1‑251 (MQ=255) 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ccGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGt > 1:635279/1‑248 (MQ=255) ccGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGTCt < 1:323878/250‑1 (MQ=255) cGGCATGATACGCCGCCGCCCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGTCTGa < 1:693865/251‑1 (MQ=255) 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cgccgccCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGTCTGATCCGCTGTAGCAg < 1:168083/251‑1 (MQ=255) cgccgccCGCACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGTCTGATCCGCTGTAGCAg < 1:144787/251‑1 (MQ=255) cACGCCTTTGTTGTACAGGGTTTCCGCGATACGTTCCACTTTATTGCGGCTGTTGCAATACACAATGCCGCTCTTGCCCTTTTGCGCCAGCACGAAACGGCAAAGCTGTTCCATGGGTTTGAATTTTTCCACCAAGGTGTAACGAATGTTCGGGCGATCGAAGCTGCCCACATAAAAGTGCGGTCGATTTAGCCGGAGATTTTGCAGGATGTCTTGTTGTGTAGTCTGATCCGCTGTAGCAGTGAGCGCCa < 1:789676/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |