| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 822,163 | A→G | intergenic (‑1486/+27418) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Thr‑TGT/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 822,163 | 0 | A | G | 96.7% | 197.3 / ‑3.5 | 90 | intergenic (‑1486/+27418) | unknown/unknown | tRNA‑Thr‑TGT/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (43/44); minor base C (0/3); total (43/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTCTTAACGCATTGCTTTCGATGAAATCGCGACGCGGCTCCACTTCTTCACCCATTAAGGTGGTGAAAAGTTGATCTGCCGCCACGGCATCTTTAATCGATACTTTCAACATACGGCGGATATTCGGATCCATGGTGGTTTCCCAAAGTTGCTCAGGATTCATCTCGCCCAAGCCTTTATAACGTTGGATCATTAAGCCGCGACGGGATTCTCTCATCAGCCACTCAATTGCCTGTTCAAAAGAACCCACCGCCACTTTGCGCTCACCACGCATCACATAGGCGCTGCCTTCCAACAAGTCAACTAATTTTTCGCCTAGGGCGATTAGGCGGGTATATTCGCTACCGGTGGCGAATTGGAAATTGAGGAAATAATCCGTATCAATACCGTGTGTTCTCACCGTTAATACCACTTCGTACAAATTCCGTTCGGCGTTAAATTGCAGACGATAGCTATAATGTCTGCCGTCGGTTTCTTTCATATTT > 1/821918‑822403 | gCTCTTAACGCATTGCTTTCGATGAAATCGCGACGCGGCTCCACTTCGTCACCCATTAAGGTGGTGAAAAGTTGATCTGCCGCCACGGCATCTTTAATCGATACTTTCAACATACGGCGGATATTCGGATCCATGGTGGTTTCCCAAAGTTGCTCAGGATTCATCTCGCCCAAGCCTTTATAACGTTGGATCATTAAGCCGCGACGGGATTCTCTCATCAGCCACTCAATTGCCTGTTCAAAAGAGCCCa > 1:88452/1‑250 (MQ=255)gCTCTTAACGCATTGCTTTCGATGAAATCGCGACGCGGCTCCACTTCGTCACCCATTAAGGTGGTGAAAAGTTGATCTGCCGCCACGGCATCTTTAATCGATACTTTCAACATACGGCGGATATTCGGATCCATGGTGGTTTCCCAAAGTTGCTCAGGATTCATCTCGCCCAAGCCTTTATAACGTTGGATCATTAAGCCGCGACGGGATTCTCTCATCAGCCACTCAATTGCCTGTTCAAAAGAGCCCa > 1:643387/1‑250 (MQ=255)gCTCTTAACGCATTGCTTTCGATGAAATCGCGACGCGGCTCCACTTCGTCACCCATTAAGGTGGTGAAAAGTTGATCTGCCGCCACGGCATC‑TTAATCGATACTTTCAACATACGGCGGATATTCGGATCCATGGTGGTTTCCCAAAGTTGCTCAGGATTCATCTCGCCCAAGCCTTTATAACGTTGGATCATTAAGCCGCGACGGGATTCTCTCATCAGCCACTCAATTGCCTGTTCAAAAGAGCCCAc > 1:87351/1‑250 (MQ=255) aaCGCATTGCTTTCGATGAAATCGCGACGCGGCTCCACTTCGTCACCCAATAAGGTGGTGAAAAGTTGATCTGCCGCCACGGCATCTTTAATCGATACTTTCAACATACGGCGGATATTCGGATCCATGGTGGTTTCCCAAAGTTGCTCAGGATTCATCTCGCCCAAGCCTTTATAACGTTGGATCATTAAGCCGCGACGGGATTCTCTCATCAGCCACTCAATTGCCTGTTCAAAAGAGCCCACCGCCAc < 1:702462/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |