| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/24); new base C (25/25); total (55/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGCTTATCTAATAATGGTCATCAATGTGTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCAGAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGATTTTAAATCCCTTGTGTCTACCGATTCCACC > 1/1005918‑1006371 | ctatagtaagagcttagtgtcggttgtgTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCATAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑Ttggt > 1:77484/25‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |