| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,006,100 | 0 | A | G | 48.9% | 4.7 / 98.9 | 94 | intergenic (+55526/+65) | unknown/unknown | tRNA‑Leu‑CAG/tRNA‑Lys‑TTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/22); new base G (21/25); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTATCTAATAATGGTCATCAATGTGTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCAGAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACTATTTAATAAGAAAGGTATTATTAAATGGTGCCCGAGGCCAGACTTGAACTGGCACGCCTCGAAAGGCGAGGGA > 1/1005918‑1006340 | ctatagtaagagcttagtgtcggttgtgTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCATAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑Ttggt > 1:77484/25‑251 (MQ=255) agcttagtgtcggttgtgTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCCTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCATAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGt > 1:226779/15‑192 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |