| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,006,026 | 0 | G | T | 58.8% | 28.6 / 57.5 | 51 | intergenic (+55452/+139) | unknown/unknown | tRNA‑Leu‑CAG/tRNA‑Lys‑TTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/10); new base T (17/13); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTATCTAATAATGGTCATCAATGTGTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCAGAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACT > 1/1005918‑1006267 | ctatagtaagagcttagtgtcggttgtgTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCATAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑Ttggt > 1:77484/25‑251 (MQ=255) agcttagtgtcggttgtgTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCCTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCATAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGt > 1:226779/15‑192 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGCATAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGAc > 1:688042/1‑206 (MQ=255) gAACCACCTTTGGTACAGGCAATCGTAACAATGTAAGGTTTTTTATAAGTGTGGTTAACGCTCATATTTTACTCGCTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTCTGGGTAATTGGTCTATGAACTTTAACTTTTCTTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAg < 1:246303/187‑1 (MQ=21) | GGCTTATCTAATAATGGTCATCAATGTGTATCTGTATCAATCAGTAAGGTTCTTAAACCATGGTCTGCACAAAATGCACCGATATTAGCAGCATTAGTGCTTTTGGCAGAACCACCTTTGGTACAGGCGATTGTAATAATGTAAGGTTTTTTAGAAGTGTGGTTAATGCACATATTTTACTCACTTAACAGAAGATTAACGTTAAGGAGTATCGACTTTGGGCAACCGGTC‑CGGAGCTTTAACTTT‑‑TTGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGACCCGTGTGCATTTTTCTTTGGAGGGTAACT > 1/1005918‑1006267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |