| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 376,659 | (A)6→7 | intergenic (‑31736/+35217) | unknown ← / ← unknown | tRNA‑Ser‑GCT/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 376,653 | 1 | . | A | 98.0% | 264.9 / ‑1.8 | 98 | intergenic (‑31730/+35223) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑GCT/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base A (59/37); total (61/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GGATAAGCACAACACTGTGCTCTTGAAGGTTGTGACCTTCACCGCCGATGTATGAGGTTACTTCGAAACCATTGGTTAAACGAATACGGCATACTTTACGTAATGCTGAGTTCGGTTTTTTAGGTGTAGTTGTGTACACACGGGTGCATACACCACGTTTCTGCGGGCAAGCCTCTAATGCAGGAACGTTACTTTTTACAACCTTTTTCACACGCGGTTTGCGTACTAGCTGGTTGATTGTTGCCATT‑A‑AAAA‑ACTCCAGTTTAATAAATTCATTAAAAAATGTTGTTTTACAAATCTGTCCATACAAGAACAGACCGCAGATTTTAATCTTCAAACCGCAGGCTGTCAACTTATTATCACTTCCTGCGCGTGTTGCTTGCGGCATGTAAAAACATTTCTGGAAACGACCGCACTTTCCCTCACAACAAAGCCGACAATATTGTCGACTTTTGTTTCTTTGACGAGGTTAACCTTGTAAGGAAATACGTTTCA > 1/376406‑376898 | ggATAAGCACAACACTGTGCTCTTGAAGGTTGTGACCTTCACCGCCGATGTATGAGGTTACTTCGAAACCATTGGTTAAACGAATACGGCATACTTTACGTAATGCTGAGTTCGGATTTTTAGGTGTAGTTGTGTACACACGGGTGCATACACCACGTTTCTGCGGGCAAGCCTCTAATGCAGGAACGTTACTTTTTACAACCTTTTTCACACGCGGTTTGCGTACTAGCTGGTTGATTGTTGCCATT‑a‑aa > 1:294497/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |