| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,305,412 | (C)5→6 | intergenic (+145832/+115525) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,305,407 | 1 | . | C | 97.1% | 182.9 / ‑2.6 | 71 | intergenic (+145827/+115530) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (29/39); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GTACTACCGCAACCGGTATAATGCAGGTGTATCCGAATTACGTGAATGGTTAACCGCTGCAAATACCGAAAAAAATTCCCAACTCTCTATTTTACAAGCCAAATATAACGTAATTCAGGCCGAAAATGCGGTTTACAGTTCTATGGCGGGTTATTATTCCGTAAAAAAATAATGTGAAACAACCGCGCTTATGTGTTTAGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGT‑C‑CCCCTAAGTTATAGGGTGATTATTTTTCAACCACCCTTAGGTATTACATTGCTATTTCATGTCCCAGTGGAACAGGCCCAATGTTTTGATAGCCAGAAGCTCGACAAGCTCTGACTCAAGCTCAACGATCGTCCTCTACAGTAGTGAGTGCCGATGCTTTATGTAAAACACCACCGCACTTTTACCATTCCCGTAAACTATTTGCTAATACTATCC > 1/1305162‑1305624 | gTACTACCGCAACCGGTATAATGCAGGTGTATCCGAATTACGTGAATGGTTAACCGCTGCAAATACCGAAAAAAATTCCCAACTCTCTATTTTACAAGCCAAATATAACGTAATTCAGGCCGAAAATGCGGTTTACAGTTCTATGGCGGGTTATTATTCCGTAAAAAAATAATGTGAAACAACCGTCCTTATGTGTTTAGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGTTTTTATA‑TGT‑c‑ccc > 1:657922/1‑250 (MQ=255)gTACTACCGCAACCGGTATAATGCAGGTGTATCCGAATTACGTGAATGGTTAACCGCTGCAAATACCGAAAAAAATTCCCAACTCTCTATTTTACAAGCCAAATATAACGTAATTCAGGCCGAAAATGCGGTTTACAGTTCTATGGCGGGTTATTATTCCGTAAAAAAATAATGTGAAACAACCGCGCTTATGTGTTTTGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGT‑c‑ccc > 1:532467/1‑250 (MQ=255)gTACTACCGCAACCGGTATAATGCAGGTGTATCCGAATTACGTGAATGGTTAACCGCTGCAAATACCGAAAAAAATTCCCAACTCTCTATTTTACAAGCCAAATATAACGTAATTCAGGCCGAAAATGCGGTTTACAGTTCTATGGCGGGTTATTATTCCGTAAAAAAATAATGTGAAACAACCGCGCTTATGTGTTTAGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAATGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGT‑c‑ccc > 1:513598/1‑250 (MQ=255)gTACTACCGCAACCGGTATAATGCAGGTGTATCCGAATTACGTGAATGGTTAACCGCTGCAAATACCGAAAAAAATTCCCAACTCTCTATTTTACAAGCCAAATATAACGTAATTCAGGCCGAAAATGCGGTTTACAGTTCTATGGCGGGTTATTATTCCGTAAAAAAATAATGTGAAACAACCGCGCTTATGTGTTTAGCATACAAAGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTTCTTTTATA‑TGT‑c‑ccc > 1:487077/1‑250 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(MQ=255) tttAGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGTCC‑CCCCTAAGTTATAGGGTGATTATTTTTTAACCACCCTTAGGTATTACATTGCTATTTCATGTCCCAGTGGAACAGGCCCAATGTTTTGATAGCCAGAAGCTCCACAAGCTCTGACTCAAGCTCAACGATCGTCCTCTACAGTAGTGAGTGCCGATGCTTTATGTAAAACACCACCGCACTTTTACCATTCCCGTAAAc < 1:556398/251‑1 (MQ=255) tttAGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGTCC‑CCCCTAAGTTATAGGGTGATTATTTTTTAACCACCCTTAGGTATTACATTGCTATTTCATGTCCCAGTGGAACAGGCCCAATGTTTTGATAGCCAGAAGCTCCACAAGCTCTGACTCAAGCTCAACGATCGTCCTCTACAGTAGTGAGTGCCGATGCTTTATGTAAAACACCACCGCACTTTTACCATTCCCGTAAAc < 1:656798/251‑1 (MQ=255) gCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGTCC‑CCCCTAAGTTATAGGGTGATTATTTTTTAACCACCCTTAGGTATTACATTGCTATTTCATGTCCCAGTGGAAc > 1:225490/1‑122 (MQ=255) gCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGTCC‑CCCCTAAGTTATAGGGTGATTATTTTTTAACCACCCTTAGGTATTACATTGCTATTTCATGTCCCAGTGGAACAGGCCCAATGTTTTGATAGCCAGAAGCTCCACAAGCTCTGACTCAAGCTCAACGATCGTCCTCTACAGTAGTGAGTGCCGATGCTTTATGTAAAACACCACCGCACTTTTACCATTCCCGTAAACTAtt > 1:439410/1‑251 (MQ=255) 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GTACTACCGCAACCGGTATAATGCAGGTGTATCCGAATTACGTGAATGGTTAACCGCTGCAAATACCGAAAAAAATTCCCAACTCTCTATTTTACAAGCCAAATATAACGTAATTCAGGCCGAAAATGCGGTTTACAGTTCTATGGCGGGTTATTATTCCGTAAAAAAATAATGTGAAACAACCGCGCTTATGTGTTTAGCATACAACGGTGCTTTATGAAAAGTGCCGTTTTTGCTTTTATA‑TGT‑C‑CCCCTAAGTTATAGGGTGATTATTTTTCAACCACCCTTAGGTATTACATTGCTATTTCATGTCCCAGTGGAACAGGCCCAATGTTTTGATAGCCAGAAGCTCGACAAGCTCTGACTCAAGCTCAACGATCGTCCTCTACAGTAGTGAGTGCCGATGCTTTATGTAAAACACCACCGCACTTTTACCATTCCCGTAAACTATTTGCTAATACTATCC > 1/1305162‑1305624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |