| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,222,333 | (G)8→9 | intergenic (+62753/+198604) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,222,325 | 1 | . | G | 96.0% | 204.6 / 2.9 | 76 | intergenic (+62745/+198612) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑GAC/tRNA‑Met‑CAT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base G (24/49); total (24/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGTCCACGGTGGCGAGTTGTAACGCGCTATCGCCGATTTTAACGATTTGTCCCGGCACACCTAAACACATAATTCATTCACTCCATTTGCAAATTGCGTTTATTTTATCATGGCGTTAAACAGGTTTCGGCGATCCGGATCAAATTTCGGTTGTTTTGTTGGCATAGATAAAATCATGCGCAGGCAATCCTGCGTGAGCTGCACCGCTTGAGCTTGAGTTAAATTCGGGTCGATAGGAGAATGC‑A‑‑GGGGGGG‑G‑CTTCAACACTGGTAAGCGGGGTAAAAAGTGCGGTGGTTTTTTTGTGGTGTTTTTTCGTGTCGGTATATGGTTGTTTATCAATATTAATAAAATTAAAGAATAGCAGAACCTTAAAGATGTACAACCAAAACATCGTCTACATTTTTCCCTAAGGACATCGTTTACATTTCGTTGGGTTGTACAATACTTTTGAAATATCAATATATTACAATGCTTCTACCAGCAGTGGTCTCCTG > 1/1222079‑1222569 | cacGTCCACGGTGGCGAGTTGTAACGCGCTATCGCCGATTTTAACGATTTGTCCCGGCACACCTAAACACATAATTCATTCACTCCATTTGCAAATTGCGTTTATTTTATCATGGCGTTAAACAGGTTTCGGCGATCCGGATCAAATTTCGGTTGTTTTGTTGGCATAGATAAAATCATGCGCAGGCAATCCTGCGTGAGCTGCACCGCTTGAGCTTGAGTTAAATTCGGGTCGATAGGAGAATGC‑A‑‑gggg < 1:778323/251‑1 (MQ=255)cacGTCCACGGTGGCGAGTTGTAACGCGCTATCGCCGATTTTAACGATTTGTCCCGGCACACCTAAACACATAATTCATTCACTCCATTTGCAAATTGCGTTTATTTTATCATGGCGTTAAACAGGTTTCGGCGATCCGGATCAAATTTCGGTTGTTTTGTTGGCATAGATAAAATCATGCGCAGGCAATCCTGCGTGAGCTGCACCGCTTGAGCTTGAGTTAAATTCGGGTCGATAGGAGAATGC‑A‑‑gggg < 1:794207/251‑1 (MQ=255) gTCCACGGTGGCGAGTTGTAACGCGCTATCGCCGATTTTAACGATTTGTCCCGGCACACCTAAACACATAATTCATTCACTCCATTTGCAAATTGCGTTTATTTTATCATGGCGTTAAACAGGTTTCGGCGATCCGGATCAAATTTCGGTTGTTTTGTTGGCATAGATAAAATCATGCGCAGGCAATCCTGCGTGAGCTGCACCGCTTGAGCTTGAGTTAAATTCGGGTCGATAGGAGAATGC‑A‑‑ggggggg > 1:689642/1‑251 (MQ=255) aCGGTGGCGAGTTGTAACGCGCTATCGCCGATTTTAACGATTTGTCCCGGCACACCTAAACACATAATTCATTCACTCCATTTGCAAATTGCGTTTATTTTATCATGGCGTTAAACAGGTTTCGGCGATCCGGATCAAATTTCGGTTGTTTTGTTGGCATAGATAAAATCATGCGCAGGCAATCCTGCGTGAGCTGCACCGCTTGAGCTTGAGTTAAATTCGGGTCGATAGGAGAATGC‑A‑‑ggggggg‑ggct < 1:239995/251‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |