| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 875,491 | (T)6→7 | intergenic (‑25834/‑46727) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 875,485 | 1 | . | T | 99.0% | 288.5 / ‑3.6 | 100 | intergenic (‑25828/‑46733) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (51/48); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATCACCACCGTTTGTGCGACCTACCTGTACTACAACAAGATCGGTTTTAGCTTAGATTATCAGTTGTCTGTTTATTTAGGTTTCGCAACCACCATCGTATGCGTTGTATTGTTCTTCATATTGGTTAAACGTTCGGGTGAACCGGATCCTGATGCGTTAGAGGATAACTTCGCAAAACAATAAAAATTTCTACCGCACTTTTGTGGTAAGCATTTAAAGCACACACCCTGCTAATGAAAATTGGCAGGGTG‑TTTTTTATATCTGTGATTTCGGCTTAAAAAGATCCTGGCTTAAAAAACTTTACGTAGAAGATCCTGAAACAGCTTGCAACTTGAGCAAACAAATAATAAACTTAGCGAAAAGTGGTGGAAAGTGGTTTTTTGTGGAGAATTTTGGAAATAAATCCCAAATTCTGACCATCCAAACGGAAAAAAGGAATAAATTCATGTTTCGTGGAGCTTCGGCGGTTAATTTAGATGCGAAGGGTAGAAT > 1/875235‑875726 | aTCACCACCGTTTGTGCGACCTACCTGTACTACAACAAGATCGGTTTTAGCTTAGATTATCAGTTGTCTGTTTATTTAGGTTTCGCAACCACCATCGTATGCGTTGTATTGTTCTTCATATTGGTTAAACGTTCGGGTGAACCGGATCCTGATGCGTTAGAGGATAACTTCGCAAAACAATAAAAATTTCTACCGCACTTTTGTGGTAAGCATTTAAAGCACACACCCTGCTAATGAAAATTGGCAGGgtg < 1:584268/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |