| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 862,860 | +G | intergenic (‑13203/‑59358) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 862,860 | 1 | . | G | 94.1% | 78.2 / ‑5.5 | 34 | intergenic (‑13203/‑59358) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Leu‑GAG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (16/16); minor base A (0/2); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGATGACGAAGCGGAGGAAATGGAAAGCCTGGAAACGCAAATTATGATAGGGCTTGGCTTTGTCGATCCGTATCTGAGCGAGAAGTAAGAAAAATTCGGAATGCGT‑AAACTATTTCGGAAAATCAGGGTCAAACGGGCATTCTTGCTTCAGTCGCCATTTATATTAAAGCCATATCATATATAGTTACACGTAATTCGGACTTTTAAGGTTGCTGCAGCGAGGCAATGATTCATCTATTTTCAACCT‑AAGGAATATCATGTTAAAAAAATACTTACTTGTTTTACCGATTTCTATTTTAACCGCCTGCGCGGGTTATTATCCTTATCCGCAATTTGAGCCCAGTTATCC‑GTCCTTTTCCGTGCAGCATAATGACGATGAAGAACATGCCGTTTTCAGCATCCGCCGCACGCATGAACCGAAATATCAGGATCCAAGATACAAAATTTCCACGGAAGACATGGAAAAATT > 1/862613‑863082 | gatcatattgaagatgacgaagcggaggaaatggaaagcttggaaacgcaaattatgatagggcttggctttgtcgatccgtatctgagcgagaagtaagaaaaagtcggaaagtgtaaaactatttcggaaaaacagggtcaaacgggcattcttgcttcagttgccattaaaagcCATATATGGTTATACGTAATTCAGGCTTTTAAGGTTGCTGCAGCGGGACAATGATTAATCTATTTTCAAcctga > 1:471959‑M2/178‑249 (MQ=255) 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AAGATGACGAAGCGGAGGAAATGGAAAGCCTGGAAACGCAAATTATGATAGGGCTTGGCTTTGTCGATCCGTATCTGAGCGAGAAGTAAGAAAAATTCGGAATGCGT‑AAACTATTTCGGAAAATCAGGGTCAAACGGGCATTCTTGCTTCAGTCGCCATTTATATTAAAGCCATATCATATATAGTTACACGTAATTCGGACTTTTAAGGTTGCTGCAGCGAGGCAATGATTCATCTATTTTCAACCT‑AAGGAATATCATGTTAAAAAAATACTTACTTGTTTTACCGATTTCTATTTTAACCGCCTGCGCGGGTTATTATCCTTATCCGCAATTTGAGCCCAGTTATCC‑GTCCTTTTCCGTGCAGCATAATGACGATGAAGAACATGCCGTTTTCAGCATCCGCCGCACGCATGAACCGAAATATCAGGATCCAAGATACAAAATTTCCACGGAAGACATGGAAAAATT > 1/862613‑863082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |