| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 552,098 | Δ1 bp | intergenic (+54545/‑147245) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 552,097 | 0 | C | . | 99.3% | 611.2 / ‑4.2 | 146 | intergenic (+54544/‑147246) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (74/71); minor base A (1/0); total (75/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TAACGCTTTCCTTCCGTCTGTTTGATTTCCGGGGTGGTGTATAAGCGATGTTTGTACAAATAACTGCCTAACAGCGCGTGCGCCAAGGCTTCTTTCACCATGGCTGGCGGGACTTCCTCTTCCGTTAAGGTTTCAGTGGTTTTGTCATAGCGGTAGGTTTTGGCGCCCACTTTCGGGAACTGAAGCACCACGTCGTTGCCGCGCATGAGCGCCTGCACTTGGTCATACTGCATGATGGCGCGGTTCGGGTCCGTTCGGTTTGGTGAGGTCGTAGCCGATCATCGGGTAATCGCCGCTGATGTCCGCCAAGGAAAGTAAAGTGGTCGGCATATCGAATTGGCTGACCAAACGGTCATCGCGGTGCGGTGCAATGCCGTCGCCCAGAATTAACGCCGGGATGTGGAAATGTTTAATCGGCATCAGGCTGGCGCCGGCAACGCGGGAGTCGTGGTCGGCAATCACCAAGAAAATGGTGTCTTTCCAGTAATTAGATTCC > 1/551847‑552342 | tAACGCTTTCCTTCCGTCTGTTTGATTTCCGGGGTGGTGTATAAGCGATGTTTGTACAAATAACTGCCTAACAGCGCGTGCGCCAAGGCTTCTTTCACCATGGCTGGCGGGACTTCCTCTTCCGTTAAGGTTTCAGTGGTTTTGTCATAGCGGTAGGTTTTGGCGCCCACTTTCGGGAACTGAAGCACCACGTCGTTGCCGCGCATGAGCGCCTGCACTTGGTCATACTGCATGATGGCGCGGTTCGGGTc < 1:275328/251‑1 (MQ=255) 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caccacGTCGTTGCCGCGCATGAGCGCCTGCACTTGGTCATACTGCATGATGGCGCGGTTCGGGT‑CGTTCGGTTTGGTGAGGTCGTAGCCGATCATCGGGTAATCGCCGCTGATGTCCGCCAAGGAAAGTAAAGTGGTCGGCATATCGAATTGGCTGACCAAACGGTCATCGCGGTGCGGTGCAATGCCGTCGCCCAGAATTAACGCCGGGATGTGGAAATGTTTAATCGGCATCAGGCTGGCGCCGGCaa < 1:783409/251‑1 (MQ=255) accacGTCGTTGCCGCGCATGAGCGCCTGCACTTGGTCATACTGCATGATGGCGCGGTTCGGGT‑CGTTCGGTTTGGTGAGGTCGTAGCCGATCATCGGGTAATCGCCGCTGATGTCCGCCa < 1:692199/121‑1 (MQ=255) accacGTCGTTGCCGCGCATGAGCGCCTGCACTTGGTCATACTGCATGATGGCGCGGTTCGGGT‑CGTTCGGTTTGGTGAGGTCGTAGCCGATCATCGGGTAATCGCCGCTGATGTCCGCCAAGGAAAGTAAAGTGGTCGGCATATCGAATTGGCTGACCAAACGGTCATTGCGGTGCGGTGCAATGCCGTCGCCCAGAATTAACGCCGGGATGTGGAAATGTTTAATCGGCATCAGGCTGGCGCCGGCaa > 1:360633/1‑250 (MQ=255) ccacGTCGTTGCCGCGCATGAGCGCCTGCACTTGGTCATACTGCATGATGGCGCGGTTCGGGT‑CGTTCGGTTTGGTGAGGTCGTAGCCGATCATCGGGTAATCGCCGCTGATGTCCGCCAAGGAAAGTAAAGTGGTCGGCATATCGAATTGGCTGACCAAACGGTCATCGCGGTGCGGTGCAATGCCGTCGCCCAGAATTAACGCCGGGATGTGGAAATGTTTAATCGGCATCAGGCTGGCGCCGGCAAcg > 1:15819/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |