| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 545,733 | Δ1 bp | intergenic (+48180/‑153610) | unknown → / → unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 545,733 | 0 | A | . | 99.0% | 435.2 / ‑4.1 | 103 | intergenic (+48180/‑153610) | unknown/unknown | tRNA‑SeC(p)‑TCA/SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (54/48); total (54/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GAATGCGGAAAAAGTGCGGTTGTTTTTCCGAGTGTTTTTTAAGGCGTCATTTCTACAGCCCTAACACCTGTTTAATCAGTTGCTCTTTTCGCAGCCCCATTTTATTCGTTGCCGACAAGCCAAGCCCGATGATCGCCACTGAATACCTGCATCAGTAACAACATTTTAGCCACTCCCACTTTGCCTTCGTAATAACGCAAATAACGATATTCACCGAAACCAAAGCCGGATATGTTAATATTGTGAAATTTCCTGTTCTAAAGGTAAAAACACCAATACGCATTCGGGCTGAAAACTTGAATTTTGGTTCAATTAAGCGCACGTGTCCGCCATCAGTTTTTCAATATCGGCAATTTCTTTCGGCGCAGCGGAAGTGAGGTTTTTGTTGCCGTAGTTGGTAATCAGTAAGTCGTCTTCAATGCGAATGCCGATGCCTTTGTATTGCTCCGGAATATCAGCGTCTTTGGATAAATAC > 1/545502‑545976 | cggaaaaagtgcggttgtttttccgagtgttttttaaggcgtcatttctacagccctaacacctgtttaatcagttgctcttttcgcagccccattttATTTTATTCGTTGCCGACAAGCCAAGCCCGATGATCGCCACTGAATACCTGCATCAGTAACAACATTTTAGCCACTCCCACTTTGCCTTCGTAATAACGCAAATAACGATATTCACCGAAACCAAAGCCGGAT‑TGTTAATATtg < 1:24912‑M2/144‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |