| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 168,692 | (A)9→8 | intergenic (+35381/+93539) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Val‑TAC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 168,684 | 0 | A | . | 98.8% | 343.5 / ‑2.6 | 83 | intergenic (+35373/+93547) | unknown/unknown | tRNA‑Val‑TAC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (39/43); total (39/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
ACGCCTGTAACACCAAAGGATGTAGGGCTAAATCGGCGAAACGTGCCGAACTTAAATAATTCTGTTGCATAGTCTCAAATTTATCGTAAAAAATTGGCGCTAAGCATAGCACGAACAGGGAAAATCCCCAAAAATTAGACACAACAAATTTAGGGAATTTTGTAAACGAACATTAAAGGTGGACCTGAAAAACGCCCGCAAAAACCACCGCACTTTTCTGCAATCCGGGGTTGGATCAAACAAACACAGAAAAAAAAACGTTAAAAACTAGACAGTGCCTAAATTTAATGCTAAGTTACGCACCAATTTCAAATTGGCCTCCATTCATTTATTTCTTAAACATTCAACTCTAAACAAACTTCAAATAAACTATGCATCTTACAGAACTTAAAAATATGCCGGTTTCCGATCTGGTGAAACTGGGCGAAGACCAAATGGGTTTGGAAAATTTAGCCCGTTTACGCAAACAAGACATTATTTTTGCGATTTTGAAA > 1/168435‑168928 | aCGCCTGTAACACCAAAGGATGTAGGGCTAAATCGGCGAAACGTGCCGAACTTAAATAATTCTGTTGCATAGTCTCAAATTTATCGTAAAAAATTGGCGCTAAGCATAGCACGAACAGGGAAAATCCCCAAAAATTAGACACAACAAATTTAGGGAATTTTGTAAACGAACATTAAAGGTGGACCTGAAAAACGCCCGCAAAAACCACCGCACTTTTCTGCAATCCGGGGTTGGATCAAACAAACACAGaa > 1:567092/1‑251 (MQ=255) gCCTGTAACACCAAAGGATGTAGGGCTAAATCGGCGAAACGTGCCGAACTTAAATAATTCTGTTGCATAGTCTCAAATTTATCGTAAAAAATTGGCGCTAAGCATAGCACGAACAGGGAAAATCCCCAAAAATTAGACACAACAAATTTAGGGAATTTTGTAAACGAACATTAAAGGTGGACCTGAAAAACGCCCGCAAAAACCACCGCACTTTTCTGCAATCCGGGGTTGGATCAAACAAACACAGaaaa > 1:311700/1‑251 (MQ=255) tAACACCAAAGGATGTAGGGCTAAATCGGCGAAACGTGCCGAACTTAAATAATTCTGTTGCATAGTCTCAAATTTATCGTAAAAAATTGGCGCTAAGCATAGCACGAACAGGGAAAATCCCCAAAAATTAGACACAACAAATTTAGGGAATTTTGTAAACGAACATTAAAGGTGGACCTGAAAAACGCCCGCAAAAACCACCGCACTTTTCTGCAATCCGGGGTTGGATCAAACAAACACAGaaaaaaaa > 1:639165/1‑250 (MQ=255) ggATGTAGGGCTAAATCGGCGAAACGTGCCGAACTTAAATAATTCTGTTGCATAGTCTCAAATTTATCGTAAAAAATTGGCGCTAAGCATAGCACGAACAGGGAAAATCCCCAAAAATTAGACACAACAAATTTAGGGAATTTTGTAAACGAACATTAAAGGTGGACCTGAAAAACGCCCGCAAAAACCACCGCACTTTTCTGCAATCCGGGGTTGGATCAAACAAACACAG‑AAAAAAAACGTTaaaaa > 1:176132/1‑249 (MQ=255) 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ACGCCTGTAACACCAAAGGATGTAGGGCTAAATCGGCGAAACGTGCCGAACTTAAATAATTCTGTTGCATAGTCTCAAATTTATCGTAAAAAATTGGCGCTAAGCATAGCACGAACAGGGAAAATCCCCAAAAATTAGACACAACAAATTTAGGGAATTTTGTAAACGAACATTAAAGGTGGACCTGAAAAACGCCCGCAAAAACCACCGCACTTTTCTGCAATCCGGGGTTGGATCAAACAAACACAGAAAAAAAAACGTTAAAAACTAGACAGTGCCTAAATTTAATGCTAAGTTACGCACCAATTTCAAATTGGCCTCCATTCATTTATTTCTTAAACATTCAACTCTAAACAAACTTCAAATAAACTATGCATCTTACAGAACTTAAAAATATGCCGGTTTCCGATCTGGTGAAACTGGGCGAAGACCAAATGGGTTTGGAAAATTTAGCCCGTTTACGCAAACAAGACATTATTTTTGCGATTTTGAAA > 1/168435‑168928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |