| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 856,157 | 4 bp→GCAG | coding (1434‑1437/2781 nt) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 856,157 | 0 | T | G | 100.0% | 145.0 / NA | 52 | D478E (GAT→GAG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (18/34); total (18/34) | |||||||||||
| * | 1 | 856,158 | 0 | T | C | 100.0% | 148.9 / NA | 52 | S479Q (TCC→CAG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (18/34); total (18/34) | |||||||||||
| * | 1 | 856,159 | 0 | C | A | 100.0% | 144.4 / NA | 52 | S479Q (TCC→CAG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (18/34); total (18/34) | |||||||||||
| * | 1 | 856,160 | 0 | C | G | 100.0% | 143.7 / NA | 52 | S479Q (TCC→CAG) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (18/34); total (18/34) | |||||||||||
CCCGGGTGATGTTATCCAGGTTAATCTGCCCGACCGCGATATTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGATTCCGCGC‑GCTTGTTTGAGGTGCCATATCACGTACTCCCGCTTGTGCTATCGGACGCGGAGCGCGCATTTATCAAGCCGACCGACTGTTTTGTCTGGAGCTTGGGCGCGCAACCGACTGCACTTTCTGTCGGCTATGACTTGATAGTTGATGCGGGC > 1/855953‑856313 |||| ccggggTGATGTTATCCGGGTTAATCTGCCCGACCGCGATTTTGTTGCCGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTAAAAACCGGCAAGGGGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGc < 1:892609/248‑1 (MQ=255)cccGGGTGTTGTTATCCGGGTTATTCGGCCCGACCGCGATTTTGTTGCCGTGGTGTGCCGAGTTGGGGACCTTAAAACCGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCAGGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGc < 1:10662/251‑1 (MQ=255) gggTGATGTTATCCGGGTTAATCTGCCCGACCGCGATATTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTAt > 1:704171/1‑251 (MQ=255) gggTGATGTTATCCGGGTTAATCTGCCCGACCGCGATATTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTAt > 1:787988/1‑251 (MQ=255) ggTGATGTTATCCGGGTTAATCTGCCCGACCGCGATATTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTAt > 1:312338/1‑250 (MQ=255) 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atatTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTATCCGATGCCGAGCGTGCGTTTATTAAGccgacggat > 1:477199/1‑247 (MQ=255) atTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTATcc > 1:10003/1‑215 (MQ=255) atTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTATCCGATGCCGAGCGTGCGTTTATTAAGccgacggattg > 1:863034/1‑245 (MQ=255) 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acacAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTATCCGATGCCGAGCGTGCGTTTATTAAGCCGACGGATTGTTTTGTATGGAGCCTGGgcg < 1:750627/163‑1 (MQ=255) ggCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTATccgatgc < 1:173238/104‑7 (MQ=255) cTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGAGCAGGCGCGGCTT‑TTCGAGGTGCCGTATCACGTGCTACCGCTGGTGCTATCCGATGCCGAGCGTGCGTTTATTAAGCCGACGGATTGTTTTGTATGGAGCCTggg > 1:650996/1‑143 (MQ=255) |||| CCCGGGTGATGTTATCCAGGTTAATCTGCCCGACCGCGATATTGTTGACGTGGTGTTCCGAGTTGGGGAGCTTAAAAACGGCAACGAGGGCGAGA‑TTGTGGCGA‑C‑GTGCTTGCAGGATGTTTACGGCATGCCCGCCGCTAACTACTCAACACAAAAAGGCGAGTCGCTTTACGTGCCGCCCGATTACACCGCCAAACCGATTGATTCCGCGC‑GCTTGTTTGAGGTGCCATATCACGTACTCCCGCTTGTGCTATCGGACGCGGAGCGCGCATTTATCAAGCCGACCGACTGTTTTGTCTGGAGCTTGGGCGCGCAACCGACTGCACTTTCTGTCGGCTATGACTTGATAGTTGATGCGGGC > 1/855953‑856313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |